BioRender Graphingを始める

BioRender Graphingは、未加工データを数分で出版品質のグラフに変換する、BioRenderの新しい統計グラフ作成・分析ツールです。データのインポート、データの自動準備、グラフ作成、外れ値の検出、統計分析を1つの統合されたワークフローにまとめています。手作業によるデータ準備やツールの切り替えは不要です。

コピー＆ペーストせずにデータファイルをドラッグ＆ドロップし、データを再構成することなく同じデータセットから複数のグラフを作成できます。また、適切な統計検定を推奨し、その理由を説明する組み込みの事前検定も利用できます。既存のPrismファイルをインポートし、すべてをBioRenderに安全に保存することもできます。この記事では、データのインポートから分析の実行・解釈まで、エンドツーエンドの操作方法を説明します。

概要

BioRender Graphingファイルを作成する方法

Galleryから：

1. 左上隅の「新規作成」をクリックします。
2. 「Graph」を選択します。
3. 「New Graphing」をクリックします。

4. 作成できるものを確認します。「BioRender Graphingで作成できるものを確認」ウィンドウで、利用可能なグラフと分析を確認します。

• 左側でカテゴリを選択します：グループの比較、関係性と傾向、曲線とアッセイ、全体に占める割合、または生存分析。
• そのカテゴリのグラフと分析を参照します。「現在利用可能」の項目はすぐに使用できます。
• ヒストグラム、フォレストプロット、3元ANOVA、ネスト型ANOVAなど、「近日公開」の項目を確認します。
• 「近日公開」の項目の横にあるベルアイコンをクリックすると、利用可能になったときに通知されます。
• 準備ができたら、ウィンドウを閉じます（X）。

ステップ1：データを入力する

BioRender Graphingファイルにデータを取り込む方法は2つあります。

1. データセットをアップロード（Smart Data Import）
2. 空白のスプレッドシート

オプション1：Smart Data Importでデータセットをアップロードする

1. データタブで、「Upload dataset」をクリックします。
2. Excel、CSV、または.prismファイルを選択します。
   • 複数のシートがあるファイルでは、利用可能なすべてのシートが表示されます。すべてを選択するか、1つを選択します。
   • .prismファイルでは、グラフと分析をインポートするオプションがデフォルトでオンになっています。未加工データのみをインポートする場合は、このオプションの選択を解除します。
3. インポートするデータセットを選択します。
4. 「Import data」をクリックして確定します。
5. インポートプレビューで自動検出された変数を確認します。
6. 必要に応じて変数名または割り当てを編集します。
7. 「Import Data」をクリックして確定します。
8. インポートプレビューで自動検出された変数を確認します。
9. 必要に応じて変数名または割り当てを編集します。

💡 GraphPad Prismからインポートしますか？BioRenderは.prismファイル（最新形式）に対応しています。古い.pzfxファイルではデータのみがインポートされます。詳しくは次の完全ガイドをご覧ください：GraphPad Prismからインポートする

オプション2：Blank spreadsheet

1. データタブでBlank spreadsheetをクリックします。
2. データをコピーして貼り付けます。
3. 必要に応じて、任意のセルを右クリックして行や列を追加または削除します。

Re-detect variablesをクリックしてデータセットを分析します。BioRender Graphingは、Smart Data Importの手順を使用して変数を自動検出し、グラフ作成の準備を整えます。

すべてのデータセットに関する推奨事項

• アップロードの場合：Fileサイズの上限（すべてのファイル形式）：50 MB
• アップロードまたは空白のスプレッドシートへの手動入力の場合：グラフの作成と分析の実行には、データポイント5,000個を上限としてRecommendedします。これを超えるファイルでは動作が非常に遅くなる場合があります。

CSVまたはExcelファイルのRecommendedデータ上限

最適なパフォーマンスを得るため、データを次の上限内に収めてください。

これらの上限により、次が確保されます。

• 高速な処理時間（10秒未満）
• 統計分析機能との互換性
• すべてのデータ形式で信頼性の高いインポート

データセットの構成

BioRender Graphingファイルは、3つのタブで構成されています。

1. Data - データセットのインポートと管理
2. Graph - グラフの作成、表示、カスタマイズ
3. Analysis - 統計分析のRunと確認

インポートすると、各データセットがDataタブの下部にタブとして表示されます。データセットをクリックして切り替え、表示できます。アクティブなデータセットの変数は左側のパネルに一覧表示されます。

データビューでは、次の操作ができます。

• 変数、行、列を手動で追加または削除する
• 変数名を変更する
• 各データセットにリンクされているグラフを確認する

ステップ2：グラフを作成する

最初のグラフを作成する

1. Dataタブのデータセットから、右側にある作成するグラフをクリックします。

   

2. Graph編集ページが表示されます。
3. 変数を割り当てます。各フィールドに入力すると、グラフのプレビューがリアルタイムで更新されます。
4. プレビューが適切になったら、「Continue」をクリックします。

グラフをカスタマイズする

「Continue」をクリックすると、画面右側にカスタマイズパネルが開きます。

Settingsはセクションごとに整理されています。

データを表示（最初に表示される、最も一般的に使用する設定）

• プロットする内容を選択します：標準偏差付き平均、SEM付き平均など。
• 「個々のデータポイントを表示」をオンまたはオフにします。

色とフォント

• グラフの色、フォントスタイル、サイズを調整します。

追加設定

• 軸の書式、間隔、線に関する高度なオプションにアクセスします。

💡 新しい統計分析を実行したりグラフをカスタマイズしたりする前に、グラフの詳細を確定または保存する必要があります。Run Analysisボタンが反応しない場合は、グラフの詳細パネルが編集モードのまま開いていないか確認してください。まずパネルを閉じるか、確定してください。

BioRender AI（ベータ版）でカスタマイズする

BioRender AIのクイック編集チャットボックスを使用して、グラフをカスタマイズできます。色、ラベル、軸、データポイントのスタイルなど、変更したい内容を説明するだけで、BioRender AIが適用します。元のデータは変更されず、いつでも手動編集や変更の取り消しができます。詳しくは、BioRender AI（ベータ版）でグラフをカスタマイズするをご覧ください。

例：「98%を超える、または2%未満のアクティビティを持つすべてのデータポイントの塗りつぶしを赤にする」

グラフ作成後にグラフの詳細を編集する

Graphの詳細（種類、変数、データセット）は、いつでも再度開いて編集できます。グラフの詳細を編集モードで再度開くと、変更を確定する前に、保存されていない編集内容を保持するか破棄するかを尋ねるメッセージが表示されます。

ステップ3：外れ値の検出結果を確認する

外れ値の検出はすべてのグラフで自動的に実行されるため、手動で開始する必要はありません。BioRenderは、外れ値の検出にROUT（Robust regression and Outlier removal）法を使用します。

表示される内容

• 検出された外れ値の数が左側のパネルに表示されます。
• 外れ値は自動的に検出され、グラフ下のデータテーブルで強調表示されます。
• 外れ値レポートをクリックすると、次の内容を示す完全なレポートが開きます。
  • 分析されたデータポイントの総数
  • 検出された外れ値の数
  • グループ別の外れ値の内訳

Qパラメーターで感度を調整する

外れ値を識別する厳密さを変更する場合は、Qパラメーターを調整できます。

1. 外れ値レポートを開きます。
2. 「Update settings」をクリックします。
3. 0.1～10のQ値を入力します。
   • 低い値＝より厳密（フラグが付く外れ値が少ない）
   • 高い値＝より寛容（フラグが付く外れ値が多い）
4. 「Rerun」をクリックして更新したしきい値を適用し、結果を再表示します。

ヒント：これは、ある外れ値がどの程度境界上にあるかを確認したい場合に便利です。たとえば、データポイントが明確な外れ値なのか、単に境界付近にあるだけなのかを確認できます。

データポイントを除外する

外れ値やその他の除外したいデータポイントを処理する方法は2つあります。

1. 個々のデータポイントを除外する：外れ値でないデータポイントも含め、任意のデータポイントを右クリックして手動で除外します。
2. 検出されたすべての外れ値を一度に除外する：外れ値レポートの「Exclude all outliers」チェックボックスを使用して、すべての外れ値をワンクリックで含めるか除外します。オンまたはオフにして結果を比較します。

詳しくは、外れ値検出（ROUT法）についてをご覧ください。

ステップ4：統計分析をRunする

分析を開始する

1. Graph編集ページで、Run analysisをクリックします。
2. 3つのセクションを含むフォームが表示されます。

セクション1 - 分析の種類

可能な場合、BioRender Graphingの分析ガイダンスは、データに基づいて最適な統計検定を自動的に推奨します。推奨された検定にはバッジが表示されます。

• ドロップダウンを開いて利用可能なすべてのオプションを表示し、推奨を上書きできます。
• データの前提条件に合わない検定を選択した場合（例：データが正規分布でないのにパラメトリック検定を選択した場合）、推奨された検定が適切な理由を警告として説明します。
• データが要件を満たしていない場合、一部の検定がグレー表示されることがあります。理由を確認するには、ツールチップを確認してください。

カテゴリ別グループを選択する

• デフォルトでは、グラフのすべてのグループが含まれます。
• この分析に含めないグループの選択を解除します。

セクション2 - 分析を微調整する

このセクションでは、分析の統計設定を調整できます。利用可能なオプションは、選択した分析の種類によって異なる場合があります。BioRenderはデータに対して実行した事前検定に基づいて設定を推奨しますが、必要に応じて変更できます。

• データ設定：分析のためのデータの構成方法を定義します。利用可能なオプションは、選択した方法によって異なります。
• 詳細オプション：利用可能な場合、このセクションを展開して追加の設定にアクセスします。
• 前提条件：一部の分析には、データに関する設定可能な前提条件が含まれます。該当する場合は、これらの設定を確認・調整できます。

例（利用可能なオプションは異なる場合があります）

セクション3 - Optionsと追加設定

一部の分析には、結果の比較方法や計算方法を細かく調整できる追加オプションがあります。これらの設定は、選択した分析に関連する場合のみ表示され、推奨オプションが自動的に適用されます。

• 比較：該当する場合、グループまたは条件の比較方法を選択します。すべてのグループを比較するか、特定の比較を選択するかを指定できます。
• 追加検定：一部の分析には、グループ間の差を調べるための任意の追加検定が含まれます。方法を選択するか、推奨オプションを使用できます。
• 自動推奨：BioRenderは分析の種類とデータに基づいて適切な設定を提案しますが、必要に応じて変更できます。

例（利用可能なオプションは異なる場合があります）

結果を表示する

分析が実行されると、次のようになります。

• 完全な結果テーブルと記述統計がAnalysisパネルに表示されます。
• 有意な比較が有意差マーカー付きでグラフに自動的に追加されます。
• Graphパネルのチェックボックスを使用して、グラフに表示する結果を切り替えます。
• 同じグラフで複数の分析を実行し、表示する分析を制御できます。

GraphタブのAnalysisパネルの例：

複数のグラフを管理する：Graph Gridビュー

ファイルが大きくなったら、Graph Gridビュー（Graphタブ）を使用して、ファイル内のすべてのグラフを一覧で確認できます。

ビューを操作する

• グラフ名で検索する
• データセットで絞り込み、特定のデータテーブルのグラフだけを表示する
• 名前、作成日、または最終更新日でSort byする

注：Graph Gridビューには、現在のファイル内のグラフのみが表示されます。他のファイルのグラフは表示されません。

一括操作

1つ以上のグラフを選択すると、一括操作を利用できます。

• 複製 - 既存のグラフのバリエーションを作成する場合に便利です（例：棒グラフから箱ひげ図への変更、または1つの変数の調整）。
• スタイルを一致 - 1つのグラフのスタイルをコピーして、他のグラフに適用します（下記参照）。
• 削除

スタイルを一致

Style Matchを使用すると、フォント、色、軸の書式、間隔などを数回のクリックで統一し、グラフの見た目を揃えられます。グラフのスタイルは、個々のグラフを開かずにGraph Gridビューから適用できます。

使用方法：

1. Graph Gridビューまたは個々のグラフで、スタイルのコピー元となるグラフを選択します。
2. 「スタイルを一致」→「Copy style」をクリックします。
3. 1つ以上の対象グラフを選択します。
4. 「Paste style」をクリックします。
5. 選択したグラフに、最初に選択したグラフのスタイルが適用されます。

スタイルをコピーするときは、適用するカテゴリを選択できます。

• Graphのスタイル（デフォルトで選択）：色、間隔、線、フォント
• 統計マーカー（デフォルトで選択）：ペアワイズ比較、最適合線
• Graphのサイズと寸法：パネル図の統一に便利
• 軸の範囲とスケール：対数スケールやカスタム目盛り間隔を設定した場合に便利

Style Matchの詳しい使用方法については、次の記事をご覧ください：BioRender GraphingでStyle Matchを使用してグラフのスタイルをコピーする方法

グラフと分析をエクスポートする

グラフをエクスポートする方法

1. Graphingタブで、エクスポートするグラフを開きます。
   • 正しいタブ（Data、Graph、Analysis）を選択していることを確認してください。選択したタブがダウンロードされます。
2. BioRenderページ右上の青い「Export」ボタンをクリックします。
3. 希望するファイル形式と解像度を選択します。
4. 「Export」をクリックしてグラフをダウンロードします。

分析をエクスポートする方法

1. Analysisタブで、エクスポートする分析を開きます。
2. BioRenderページ右上の青い「Export」ボタンをクリックします。
3. エクスポートする分析を選択します。
4. 「Export」をクリックして、分析を.csvファイルまたはPDFファイルとしてダウンロードします。

❗重要：別のアプリケーションでグラフを編集する必要がある場合は、グラフをSVGファイルとしてエクスポートしてください。Adobe Illustrator、Affinity Designerなどのベクター編集ツールで編集できます。

GraphPad Prismからインポートする

既存のPrismファイルがある場合は、データ、グラフ、分析を含めて、BioRender Graphingに直接インポートできます。

対応ファイル形式

• BioRenderは.prismファイル形式（最新のPrism形式）に対応しています。
• 古い.pzfxファイルは部分的に対応しています。データはインポートされますが、グラフと分析はインポートされません。
• グラフと分析を保持したまま.pzfxファイルをインポートするには、まずGraphPad Prismで.prismファイルとして再保存してからインポートします。

インポート方法

1. DataタブでUpload datasetをクリックし、.prismファイルを選択します。
2. ファイル内のすべてのデータセットが表示されます。すべてを選択するか、特定のデータセットを選択します。
3. グラフと分析をインポートするオプションはデフォルトでオンになっています。未加工データのみをインポートする場合は、このオプションの選択を解除します。
4. 「Import」をクリックします。

.prismファイルのインポートについて詳しくは、この記事をご覧ください。

イラストレーションにグラフを追加する

BioRender Graphingファイルを、BioRenderのイラストレーションファイルで直接使用できます。

1. イラストレーションエディターから：エディター内のグラフ挿入パネルを使用して、BioRender Graphingファイルからグラフを参照して挿入します。キャンバス上で個々のグラフ要素をクリックすると、インラインでスタイルを設定できます。
2. Graph Gridビューから - 1つ以上のグラフを選択し、「イラストレーションに追加」を使用して既存のイラストレーションファイルに送ります。表示されるモーダルで送信先のファイルを選択できます。

お困りですか？ support@biorender.comからサポートチームにお問い合わせいただくか、右下にある「Chat With Us」バブルをクリックしてライブチャットを開始してください。