Premiers pas avec BioRender Graphing

BioRender Graphing est le nouvel outil de représentation graphique et d’analyse statistiques de BioRender, qui transforme vos données brutes en graphiques de qualité publication en quelques minutes. Il regroupe l’importation des données, leur préparation automatique, la création de graphiques, la détection des valeurs aberrantes et l’analyse statistique au sein d’un workflow unifié : dites adieu à la préparation manuelle des données et au changement d’outils. 

Faites glisser vos fichiers de données sans copier-coller, créez plusieurs graphiques à partir du même jeu de données sans restructurer vos données et utilisez les prétests intégrés qui recommandent le test statistique approprié et expliquent pourquoi. Vous pourrez également importer vos fichiers Prism existants ; le tout est stocké en toute sécurité dans BioRender. Cet article couvre l’expérience complète de bout en bout, de l’importation de vos données à l’exécution et à l’interprétation des analyses.

Présentation

Comment créer un fichier BioRender Graphing 

Depuis votre Gallery :

1. Cliquez sur « Create New » dans le coin supérieur gauche.
2. Sélectionnez « Graph ».
3. Cliquez sur « New Graphing ».

4. Découvrez ce que vous pouvez créer. Dans la fenêtre « Explore what you can create with BioRender Graphing », consultez les graphiques et analyses disponibles :

• Choisissez une catégorie à gauche : Comparer des groupes, Relations et tendances, Courbes et tests, Parties d’un tout ou Survie.
• Parcourez les graphiques et analyses de cette catégorie. Les éléments sous « Available now » sont prêts à être utilisés.
• Consultez les éléments « Coming soon », tels que l’histogramme, le forest plot, l’ANOVA à trois facteurs et l’ANOVA imbriquée.
• Cliquez sur l’icône représentant une cloche à côté d’un élément « Coming soon » pour être informé de sa disponibilité.
• Fermez la fenêtre (X) lorsque vous êtes prêt à continuer.

Étape 1 : Saisir vos données

Il existe deux façons d’ajouter des données à un fichier BioRender Graphing.

1. Importer un jeu de données (Smart Data Import)
2. Feuille de calcul vierge

Option 1 : Importer un jeu de données avec Smart Data Import

1. Dans l’onglet Data, cliquez sur "Upload dataset".
2. Sélectionnez votre fichier Excel, CSV ou .prism :
   • Les fichiers contenant plusieurs feuilles affichent toutes les feuilles disponibles : sélectionnez-les toutes ou choisissez-en une. 
   • Pour les fichiers .prism, l’option d’importation des graphiques et des analyses est activée par défaut. Si vous souhaitez uniquement importer les données brutes, décochez cette option.
3. Sélectionnez les jeux de données que vous souhaitez importer.
4. Cliquez sur Import data pour confirmer.
5. Examinez les variables détectées automatiquement dans l’aperçu de l’importation.
6. Modifiez les noms ou les affectations des variables si nécessaire.
7. Cliquez sur Import Data pour confirmer.
8. Examinez les variables détectées automatiquement dans l’aperçu de l’importation.
9. Modifiez les noms ou les affectations des variables si nécessaire.

💡 Vous importez des données depuis GraphPad Prism ? BioRender prend en charge les fichiers .prism (format le plus récent). Les anciens fichiers .pzfx importeront uniquement les données. Consultez le guide complet : Importer des données depuis GraphPad Prism

Option 2 : Blank spreadsheet 

1. Cliquez sur Blank spreadsheet dans l’onglet Data.
2. Copiez et collez vos données.
3. Ajoutez ou supprimez des lignes et des colonnes si nécessaire en cliquant avec le bouton droit de la souris sur une cellule.

Cliquez sur Re-detect variables pour analyser votre jeu de données : BioRender Graphing utilisera les étapes de Smart Data Import pour détecter automatiquement vos variables et vous préparer à créer un graphique.

Recommandations pour tous les jeux de données

• Pour l’importation : taille maximale du File (tous les types de fichiers) : 50 Mo
• Pour l’importation ou la saisie manuelle dans une feuille de calcul vierge : nombre maximal de points de données Recommended : 5 000 pour créer des graphiques et exécuter des analyses. Les fichiers plus volumineux peuvent entraîner de très faibles performances.

Limites de données Recommended pour les fichiers CSV ou Excel

Pour des performances optimales, respectez les limites suivantes :

Ces limites garantissent :

• Des temps de traitement rapides (moins de 10 secondes)
• La compatibilité avec les fonctionnalités d’analyse statistique
• Des importations fiables pour tous les types de données

Organisation des jeux de données

Chaque fichier BioRender Graphing est organisé en trois onglets :

1. Data - Importer et gérer vos jeux de données
2. Graph - Créer, afficher et personnaliser des graphiques
3. Analysis - Run et consulter les analyses statistiques

Une fois importé, chaque jeu de données apparaît sous forme d’onglet en bas de l’onglet Data.  Vous pouvez cliquer sur les différents jeux de données pour les consulter. Les variables du jeu de données actif sont répertoriées dans le panneau de gauche.

Depuis la vue des données, vous pouvez :

• Ajouter ou supprimer manuellement des variables, des lignes ou des colonnes
• Renommer les variables
• Voir quels graphiques sont associés à chaque jeu de données

Étape 2 : Créer un graphique

Créer votre premier graphique

1. Dans un jeu de données de l’onglet Data, cliquez à droite sur le graphique que vous souhaitez créer.

   

2. Vous accédez ainsi à la page de modification du Graph.
3. Attribuez vos variables : l’aperçu du graphique se met à jour en temps réel à mesure que vous remplissez chaque champ.
4. Lorsque l’aperçu vous convient, cliquez sur Continue.

Personnaliser votre graphique

Après avoir cliqué sur Continue, le panneau de personnalisation s’ouvre à droite de l’écran. 

Les Settings sont organisés en sections :

Display data (affiché en premier : il s’agit du paramètre le plus couramment utilisé)

• Choisissez les données à représenter : moyenne avec écart-type, moyenne avec SEM, etc.
• Activez ou désactivez l’affichage des points de données individuels.

Couleur et police

• Ajustez les couleurs, les styles de police et les tailles du graphique.

Paramètres supplémentaires

• Accédez à des options avancées pour la mise en forme des axes, l’espacement et les lignes.

💡 Vous devez confirmer ou enregistrer les détails de votre graphique avant de pouvoir exécuter une nouvelle analyse statistique ou personnaliser votre graphique. Si le bouton Run Analysis semble ne pas répondre, vérifiez si le panneau des détails du graphique est toujours ouvert en mode modification : fermez-le ou confirmez d’abord les modifications. 

Personnaliser avec l’IA de BioRender (bêta)

Vous pouvez personnaliser votre graphique à l’aide de l’IA de BioRender dans la boîte de dialogue Quick edit. Décrivez simplement les modifications que vous souhaitez effectuer, comme la mise à jour des couleurs, des libellés, des axes ou des styles de points de données, et l’IA de BioRender les appliquera pour vous. Vos données sous-jacentes restent inchangées et vous pouvez continuer à effectuer des modifications manuellement ou annuler les changements à tout moment. Pour plus d’informations, consultez Personnaliser vos graphiques avec l’IA de BioRender (bêta).

Exemple : « Pour tous les points de données dont l’activité est supérieure à 98 % ou inférieure à 2 %, rendre le remplissage rouge »

Modifier les détails du graphique après sa création

Les détails du Graph (type, variables, jeu de données) peuvent être rouverts et modifiés à tout moment. Lorsque vous rouvrez les détails du graphique en mode modification, une invite vous demande si vous souhaitez conserver ou supprimer les modifications non enregistrées avant de confirmer les changements.

Étape 3 : Examiner la détection des valeurs aberrantes

La détection des valeurs aberrantes s’exécute automatiquement sur chaque graphique : vous n’avez pas besoin de la déclencher manuellement. BioRender utilise la méthode ROUT (régression robuste regression et suppression des valeurs aberrantes) pour détecter les valeurs aberrantes. 

Ce que vous verrez

• Le nombre de valeurs aberrantes détectées apparaît dans le panneau de gauche.
• Les valeurs aberrantes sont automatiquement détectées et mises en évidence dans le tableau de données situé sous le graphique.
• Cliquez sur le rapport des valeurs aberrantes pour ouvrir le rapport complet, qui indique :
  • Le nombre total de points de données analysés
  • Le nombre de valeurs aberrantes détectées
  • La répartition des valeurs aberrantes par groupe

Ajuster la sensibilité avec le paramètre Q

Si vous souhaitez modifier le degré d’agressivité de l’identification des valeurs aberrantes, vous pouvez ajuster le paramètre Q :

1. Ouvrez le rapport des valeurs aberrantes.
2. Cliquez sur Update settings.
3. Saisissez une valeur Q comprise entre 0,1 et 10 :
   • Valeurs plus faibles = plus strict (moins de valeurs aberrantes signalées)
   • Valeurs plus élevées = plus tolérant (davantage de valeurs aberrantes signalées)
4. Cliquez sur Rerun pour appliquer le seuil mis à jour et afficher les nouveaux résultats.

Conseil : cette fonctionnalité est utile lorsque vous souhaitez tester le caractère limite d’une valeur aberrante donnée, par exemple pour confirmer si un point de données est définitivement aberrant ou se situe simplement à la limite.

Exclure des points de données

Vous disposez de deux options pour gérer les valeurs aberrantes et les autres points de données que vous souhaitez exclure :

1. Exclure des points de données individuels : cliquez avec le bouton droit sur n’importe quel point de données, y compris les points non aberrants, pour l’exclure manuellement. 
2. Exclure toutes les valeurs aberrantes détectées en une seule fois : utilisez la case à cocher Exclude all outliers dans le rapport des valeurs aberrantes pour activer ou désactiver toutes les valeurs aberrantes en un clic. Activez ou désactivez cette option pour comparer les résultats.

Pour plus d’informations, consultez Comprendre la détection des valeurs aberrantes (méthode ROUT).

Étape 4 : Run une analyse statistique

Commencer une analyse

1. Sur la page de modification du Graph, cliquez sur Run analysis.
2. Un formulaire structuré s’affiche avec trois sections :

Section 1 - Type d’analyse 

Lorsque cela est possible, le guide d’analyse de BioRender Graphing recommande automatiquement le test statistique le plus approprié en fonction de vos données. Le test recommandé est signalé par un badge.

• Vous pouvez remplacer la recommandation en ouvrant le menu déroulant pour voir toutes les options disponibles.
• Si vous sélectionnez un test qui ne correspond pas aux hypothèses de vos données (par exemple, un test paramétrique alors que les données ne suivent pas une loi normale), un avertissement explique pourquoi le test recommandé reste préférable.
• Certains tests peuvent apparaître grisés si vos données ne remplissent pas les conditions requises. Pour comprendre pourquoi, consultez l’infobulle.

Sélectionner les groupes catégoriels

• Par défaut, tous les groupes du graphique sont inclus.
• Désélectionnez les groupes que vous ne souhaitez pas inclure dans cette analyse. 

Section 2 - Affiner votre analyse

Cette section vous permet d’ajuster les paramètres statistiques de votre analyse. Les options disponibles peuvent varier selon le type d’analyse sélectionné. BioRender recommandera des paramètres en fonction des prétests effectués sur vos données, mais vous pouvez les modifier si nécessaire.

• Configuration des données : définissez la manière dont vos données sont organisées pour l’analyse. Les options disponibles dépendent de la méthode sélectionnée.
• Options avancées : développez cette section pour accéder à des paramètres de configuration supplémentaires, le cas échéant.
• Hypothèses : certaines analyses incluent des hypothèses configurables concernant vos données. Le cas échéant, vous pouvez consulter et ajuster ces paramètres.

Exemple (les options disponibles peuvent varier)

Section 3 - Options et paramètres supplémentaires

Certaines analyses incluent des options supplémentaires qui vous permettent d’affiner la manière dont les résultats sont comparés et calculés. Ces paramètres ne s’affichent que lorsqu’ils sont pertinents pour l’analyse sélectionnée, et les options recommandées sont appliquées automatiquement.

• Comparaisons : le cas échéant, choisissez la manière dont les groupes ou les conditions sont comparés. Cela peut inclure la comparaison de tous les groupes ou la sélection de comparaisons spécifiques.
• Test de suivi : certaines analyses incluent des tests de suivi facultatifs pour explorer les différences entre les groupes. Vous pouvez sélectionner une méthode ou utiliser l’option recommandée.
• Recommandations automatiques : BioRender suggérera les paramètres appropriés en fonction de votre type d’analyse et de vos données, mais vous pouvez les ajuster si nécessaire.

Exemple (les options disponibles peuvent varier) 

Afficher les résultats

Une fois l’analyse exécutée :

• Un tableau complet des résultats et des statistiques descriptives apparaissent dans le panneau Analysis.
• Les comparaisons significatives sont automatiquement ajoutées au graphique avec des marqueurs de significativité.
• Utilisez les cases à cocher du panneau Graph pour afficher ou masquer les résultats sur le graphique.
• Vous pouvez exécuter plusieurs analyses sur le même graphique et contrôler celles qui sont affichées.

Exemple de panneau Analysis dans l’onglet Graph :

Gérer plusieurs graphiques : vue Graph Grid

À mesure que votre fichier s’agrandit, utilisez la vue Graph Grid (onglet Graph) pour voir tous les graphiques du fichier en un coup d’œil.

Naviguer dans la vue

• Rechercher un graphique par nom
• Filtrer par jeu de données pour afficher uniquement les graphiques d’un tableau de données spécifique
• Sort by nom, date de création ou dernière modification

Remarque : la vue Graph Grid affiche uniquement les graphiques du fichier actuel. Les graphiques d’autres fichiers n’y apparaîtront pas.

Actions groupées

Sélectionnez un ou plusieurs graphiques pour accéder aux actions groupées :

• Dupliquer - utile pour créer une variante d’un graphique existant (par exemple, passer d’un diagramme en barres à un box plot ou ajuster une variable)
• Style match - copier le style d’un graphique et l’appliquer à d’autres (voir ci-dessous)
• Supprimer

Style match

Créez des graphiques visuellement cohérents avec Style Match en quelques clics : polices, couleurs, mise en forme des axes, espacement et plus encore. L’application du style d’un graphique peut être effectuée entièrement depuis la vue Graph Grid, sans ouvrir les graphiques individuellement.

Comment l’utiliser :

1. Sélectionnez le graphique dont vous souhaitez copier le style dans la vue Graph Grid ou dans votre graphique individuel.
2. Cliquez sur Style match → Copy style.
3. Sélectionnez un ou plusieurs graphiques cibles.
4. Cliquez sur Paste style.
5. Les graphiques sélectionnés adopteront le style du graphique choisi initialement.

Lorsque vous copiez un style, vous pouvez choisir les catégories à appliquer :

• Mise en forme du Graph (cochée par défaut) : couleurs, espacement, lignes, polices 
• Marqueurs statistiques (cochée par défaut) : comparaisons par paires, droites d’ajustement 
• Taille et dimensions du Graph : utile pour obtenir des figures avec des panneaux cohérents
• Plage et échelle des axes : utile si vous avez défini une échelle logarithmique ou un espacement personnalisé des graduations

Pour découvrir toutes les étapes d’utilisation de Style Match, consultez cet article : Comment copier le style d’un graphique à l’aide de Style Match dans BioRender Graphing

Exporter votre graphique et vos analyses

Comment exporter votre graphique

1. Ouvrez le graphique que vous souhaitez exporter dans l’onglet Graphing.
   • Assurez-vous d’être dans le bon onglet (Data, Graph, Analysis). L’onglet sélectionné sera téléchargé.
2. Cliquez sur le bouton bleu "Export" en haut à droite de votre page BioRender.
3. Sélectionnez le type de fichier et la résolution de votre choix.
4. Cliquez sur "Export" pour télécharger votre graphique.

Comment exporter vos analyses

1. Ouvrez l’analyse que vous souhaitez exporter dans l’onglet Analysis.
2. Cliquez sur le bouton bleu "Export" en haut à droite de votre page BioRender.
3. Sélectionnez l’analyse souhaitée à exporter.
4. Cliquez sur "Export" pour télécharger votre analyse au format .csv ou PDF.

❗Remarque importante : si vous devez modifier votre graphique dans une autre application, exportez-le au format SVG. Vous pourrez alors le modifier dans des outils d’édition vectorielle tels qu’Adobe Illustrator, Affinity Designer, etc.

Importer des données depuis GraphPad Prism

Si vous disposez de fichiers Prism existants, vous pouvez les importer directement dans BioRender Graphing, y compris les données, les graphiques et les analyses.

Format de fichier pris en charge

• BioRender prend en charge le format de fichier .prism (le format Prism le plus récent).
• Les anciens fichiers .pzfx sont partiellement pris en charge : les données seront importées, mais pas les graphiques ni les analyses.
• Pour importer un fichier .pzfx en conservant les graphiques et les analyses, enregistrez-le d’abord au format .prism dans GraphPad Prism, puis importez-le.

Comment importer

1. Dans l’onglet Data, cliquez sur Upload dataset et sélectionnez votre fichier .prism.
2. Tous les jeux de données du fichier apparaissent : sélectionnez-les tous ou choisissez-en certains.
3. L’option d’importation des graphiques et des analyses est activée par défaut. Si vous souhaitez uniquement les données brutes, décochez cette option.
4. Cliquez sur Import.

Pour plus d’informations sur l’importation de vos fichiers .prism, consultez cet article.

Ajouter des graphiques à une illustration

Vous pouvez utiliser directement les fichiers BioRender Graphing dans vos fichiers d’illustration BioRender.

1. Depuis l’éditeur d’illustrations : utilisez le panneau d’insertion de graphiques dans l’éditeur pour parcourir et insérer des graphiques provenant de vos fichiers BioRender Graphing . Une fois sur le canevas, cliquez sur les éléments individuels du graphique pour les mettre en forme directement.
2. Depuis la vue Graph Grid : sélectionnez un ou plusieurs graphiques et utilisez Add to illustration pour les ajouter à un fichier d’illustration existant. Une fenêtre vous permettra de choisir le fichier de destination.

Besoin d’aide ? Contactez notre équipe d’assistance à l’adresse support@biorender.com ou démarrez une conversation en direct en cliquant sur la bulle "Chat With Us" en bas à droite.