Cómo crear Heatmaps y Well Plate Heatmaps en BioRender Graphing

Si trabajas con datos que capturan patrones, intensidades o variaciones en una estructura de cuadrícula, como lecturas de temperatura, niveles de expresión génica o ensayos en placas de pocillos, un mapa de calor puede ser una excelente forma de visualizar tus datos. Los mapas de calor de placas de pocillos y los mapas de calor te permiten identificar rápidamente tendencias y valores atípicos mediante el uso del color para representar valores, lo que facilita la interpretación y la comunicación de tus resultados. A continuación, te explicamos cómo crearlos en BioRender Graphing.

📌 Beta: El agente de Graphing está en fase beta. 

Antes de empezar

BioRender Graphing tiene dos opciones de mapas de calor:

1. Mapas de calor normales: Versátiles y utilizables con diversos conjuntos de datos.
2. Mapas de calor de placas de pocillos: Diseñados específicamente para datos procedentes de placas de pocillos, donde cada celda representa una fila y una columna de la placa.

Independientemente de cómo crees tu mapa de calor:

• Cada valor del conjunto de datos corresponde a la misma posición en el mapa de calor (por ejemplo, la fila 1, columna 1 se encuentra en la esquina superior izquierda).
• Puedes pegar tus propios datos directamente en el conjunto de datos.
• Smart Data Import organiza tus datos por ti.

Elige cómo quieres crear tu mapa de calor

1. Con el agente de Graphing: carga tus datos y describe el mapa de calor que quieres.
2. Manualmente: elige un mapa de calor en el panel Graphs y asigna las variables tú mismo.

Puedes cambiar de una opción a otra en cualquier momento.

Con el agente de Graphing

Paso 1: Añade tus datos

1. Abre un archivo nuevo de Graphing.
2. Haz clic en «Upload data» en el mensaje del agente o haz clic en el botón «+» del cuadro de chat.
3. Elige tu archivo, selecciona los conjuntos de datos que quieras y haz clic en «Import data».
4. El agente describe tus datos y destaca las variables que ha detectado.

Consulta Cómo añadir tus datos en BioRender Graphing.

Paso 2: Solicita un mapa de calor

En el chat, solicita el mapa de calor que quieras. Por ejemplo: «Create a well plate heatmap from [dataset name].» El agente sugiere un tipo de gráfico adecuado para tus datos. Di que sí o confirma que quieres otro tipo de gráfico. 

Paso 3: Comprueba tus variables y crea el gráfico

El agente te indica qué necesita el gráfico y asigna tus variables. Comprueba que «Row factor» y «Column factor» coincidan con tus identificadores de fila y columna. Si no puede determinar a qué variable te refieres, te lo pregunta. Haz clic en «Create the graph» cuando el plan sea correcto. 

Paso 4: Personaliza tu mapa de calor

Haz clic en «Ask BioRender» y describe el cambio. Por ejemplo: «Change the color of the heatmap from blue to red.» 

• Indica el nombre de la parte que quieres personalizar, como «the color bar» o «the row labels». Ten en cuenta que no puedes hacer clic en un elemento del gráfico y enviarlo al chat.
• Si no te gusta un cambio, haz clic en la flecha de deshacer de la esquina superior izquierda o pide al agente que revierta la acción.
• Si el agente no puede hacer algo, te indica qué no ha podido completar. Reformula tu solicitud o edítalo manualmente en el panel «Customize Graph». 

Para obtener más información sobre el agente, consulta Cómo usar el agente de Graphing en BioRender Graphing (Beta).

Manualmente

Paso 1: Añade tus datos

Haz clic en «Blank spreadsheet» en la pestaña «Data» y, a continuación, pega o escribe tus datos.

Paso 2: Selecciona Heatmap o Well plate heatmap

Haz clic en «Create New» y abre el menú Graph. Elige «Heatmap» o «Well plate heatmap».

Paso 3: Añade tus variables

Especifica las variables para «Row factor», «Column factor» y «Values». Los factores de fila y columna deben configurarse con las variables que contienen tus identificadores de fila y columna. Asigna cada variable en el panel de detalles de Graph. Haz clic en «Continue» cuando la vista previa sea correcta.

Paso 4: Personaliza tu placa de pocillos o mapa de calor

Puedes personalizar muchos elementos del mapa de calor, al igual que en otras visualizaciones de BioRender Graphing, incluidos la fuente, el título del gráfico y las etiquetas de los ejes.

Haz clic en «Customize graph» en la esquina superior derecha de la pestaña Graph o haz clic en la parte del gráfico que quieras cambiar. Puedes personalizar:

• Eje independiente
• Eje dependiente
• Leyenda
• Título de Graph
• Datos de muestra

Para los mapas de calor y los mapas de calor de placas de pocillos:

• Normalización de datos: aplica la escala por fila o columna. Esto realiza una estandarización de puntuación Z por fila o columna. Las etiquetas de valores, los colores de los elementos y la barra de colores se ajustan automáticamente para reflejar los cambios.
• Personalización de la barra de colores: haz clic en la barra de colores para abrir el menú de personalización, donde puedes cambiar su posición en el gráfico y ajustar el borde y el fondo.

Solo para mapas de calor:

• Forma del mapa de calor: la forma predeterminada es cuadrada. Aumenta el radio de las esquinas para curvarlas.
• Espaciado y margen: ajusta el espacio entre las celdas y el margen entre las etiquetas de filas y columnas y las celdas. Establecer el espaciado en 0 elimina los espacios entre los puntos de datos. El margen añade espacio adicional.

Solo para mapas de calor de placas de pocillos:

• Borde de la placa de pocillos: las esquinas redondeadas vienen configuradas de forma predeterminada. Haz clic en cualquier parte del mapa de calor para ajustar la configuración del borde.
• Personalización de la visualización de los pocillos: ajusta el espacio entre los pocillos, el ancho del borde y el color del borde para adaptarlos a tu visualización.
• Margen y relleno: el margen ajusta el espacio entre las etiquetas de filas y columnas y la placa. El relleno afecta al espacio entre los pocillos y el borde de la placa.

Para consultar todas las opciones de personalización, visita Cómo personalizar tu gráfico.

Consejos para solucionar problemas

¿Hay pocillos vacíos en tu mapa de calor de placa de pocillos? 

Si quieres mostrar pocillos vacíos junto con tus datos, asegúrate de introducir los nombres de fila y columna de esos pocillos. Si las etiquetas se dejan en blanco, el mapa de calor puede parecer incompleto.

¿Necesitas opciones de agrupación o análisis? 

Estamos trabajando activamente en estas funciones. ¡Te mantendremos informado! El agente solo ejecuta los análisis compatibles con Graphing, por lo que todavía no puede ejecutar agrupaciones. 

¿Quieres cambiar entre tipos de mapas de calor? 

Puedes cambiar entre mapas de calor normales y mapas de calor de placas de pocillos desde el menú desplegable. Ten en cuenta que no todas las personalizaciones se conservan, por lo que es posible que tengas que ajustar algunas opciones después de cambiar. Te recomendamos duplicar el gráfico antes de probar otro tipo de visualización.

El agente no ha creado el mapa de calor que le he pedido. 

Indícale qué tipo de mapa de calor quieres o elige uno tú mismo en el panel «Graphs» de la pestaña Data.

¿Necesitas ayuda? Ponte en contacto con nuestro equipo de asistencia en support@biorender.com o inicia un chat en directo haciendo clic en la burbuja "Chat With Us" situada en la esquina inferior derecha.