Creazione di Heatmaps e Well Plate Heatmaps in BioRender Graphing

Se lavori con dati che acquisiscono pattern, intensità o variazioni all'interno di una struttura a griglia, come rilevazioni della temperatura, livelli di espressione genica o analisi di piastre a pozzetti, una mappa di calore può essere un ottimo modo per visualizzare i tuoi dati. Le mappe di calore delle piastre a pozzetti e le mappe di calore ti consentono di identificare rapidamente tendenze e valori anomali utilizzando i colori per rappresentare i valori, rendendo più semplice interpretare e comunicare i risultati. Ecco come crearle in BioRender Graphing.

📌 Beta: l'agente Graphing è in versione beta. 

Prima di iniziare

BioRender Graphing offre due opzioni per le mappe di calore:

1. Mappe di calore standard: versatili e utilizzabili con diversi tipi di dataset.
2. Mappe di calore per piastre a pozzetti: progettate specificamente per i dati provenienti da piastre a pozzetti, con ogni cella che rappresenta una riga e una colonna della piastra.

Indipendentemente dal modo in cui crei la mappa di calore:

• Ogni valore nel dataset corrisponde alla stessa posizione sulla mappa di calore (ad esempio, la riga 1, colonna 1 si trova nell'angolo in alto a sinistra).
• Puoi incollare i tuoi dati direttamente nel dataset.
• Smart Data Import organizza i dati per te.

Scegli come creare la tua mappa di calore

1. Con l'agente Graphing: carica i dati e descrivi la mappa di calore che vuoi.
2. Manualmente: scegli una mappa di calore dal pannello Graphs e assegna tu stesso le variabili.

Puoi passare da un'opzione all'altra in qualsiasi momento.

Con l'agente Graphing

Passaggio 1: aggiungi i dati

1. Apri un nuovo file di Graphing.
2. Fai clic su “Carica dati” nel messaggio dell'agente oppure fai clic sul pulsante “+” nella casella della chat.
3. Scegli il file, seleziona i dataset desiderati e fai clic su “Importa dati”.
4. L'agente descrive i dati ed evidenzia le variabili rilevate.

Consulta Come aggiungere i dati in BioRender Graphing.

Passaggio 2: chiedi una mappa di calore

Nella chat, chiedi la mappa di calore che desideri. Ad esempio: "Crea una mappa di calore per piastra a pozzetti dal [nome del dataset]." L'agente suggerisce un tipo di grafico adatto ai tuoi dati. Rispondi di sì oppure conferma che desideri un tipo di grafico diverso. 

Passaggio 3: controlla le variabili e crea il grafico

L'agente ti comunica di cosa ha bisogno il grafico e assegna le variabili. Verifica che “Fattore riga” e “Fattore colonna” corrispondano agli identificativi delle righe e delle colonne. Se non riesce a capire a quale variabile ti riferisci, te lo chiede. Fai clic su “Crea il grafico” quando il piano è corretto. 

Passaggio 4: personalizza la mappa di calore

Fai clic su ‘Chiedi a BioRender” e descrivi la modifica. Ad esempio: "Cambia il colore della mappa di calore da blu a rosso." 

• Indica il nome dell'elemento che desideri personalizzare, ad esempio "la barra dei colori" o "le etichette delle righe". Nota: non puoi fare clic su un elemento del grafico e inviarlo alla chat.
• Se non ti piace una modifica, fai clic sulla freccia Annulla nell'angolo in alto a sinistra oppure chiedi all'agente di annullare l'azione.
• Se l'agente non è in grado di eseguire un'operazione, ti comunica cosa non ha potuto completare. Riformula la richiesta oppure modifica manualmente nel pannello “Personalizza Graph”. 

Per ulteriori informazioni sull'agente, consulta Come utilizzare l'agente Graphing in BioRender Graphing (Beta).

Manualmente

Passaggio 1: aggiungi i dati

Fai clic su “Blank spreadsheet” nella scheda “Dati”, quindi incolla o digita i dati.

Passaggio 2: seleziona Heatmap o Well plate heatmap

Fai clic su “Crea nuovo” e apri il menu Graph. Scegli “Heatmap” o “Well plate heatmap”.

Passaggio 3: aggiungi le variabili

Specifica le variabili per “Fattore riga”, “Fattore colonna” e “Valori”. I fattori riga e colonna devono essere impostati sulle variabili contenenti gli identificativi delle righe e delle colonne. Assegna ogni variabile nel pannello dei dettagli di Graph. Fai clic su “Continue” quando l'anteprima è corretta.

Passaggio 4: personalizza la piastra a pozzetti o la mappa di calore

Puoi personalizzare molti elementi della mappa di calore, analogamente alle altre visualizzazioni di BioRender Graphing, tra cui il carattere, il titolo del grafico e le etichette degli assi.

Fai clic su “Personalizza grafico” nell'angolo in alto a destra della scheda Graph oppure fai clic sulla parte del grafico che desideri modificare. Puoi personalizzare:

• Asse indipendente
• Asse dipendente
• Legenda
• Titolo di Graph
• Dati di esempio

Per entrambe le mappe di calore e le mappe di calore per piastre a pozzetti:

• Normalizzazione dei dati: applica la scalatura per riga o colonna. Esegue una standardizzazione Z-score per riga o colonna. Le etichette dei valori, i colori degli elementi e la barra dei colori si adattano automaticamente per riflettere le modifiche.
• Personalizzazione della barra dei colori: fai clic sulla barra dei colori per aprire il menu di personalizzazione, nel quale puoi modificarne la posizione sul grafico e regolare il bordo e lo sfondo.

Solo per le mappe di calore:

• Forma della mappa di calore: la forma predefinita è quadrata. Aumenta il raggio degli angoli per arrotondarli.
• Spaziatura e margine: regola la spaziatura tra le celle e il margine tra le etichette delle righe e delle colonne e le celle. Impostando la spaziatura su 0, rimuovi gli spazi tra i punti dati. Il margine aggiunge spazio extra.

Solo per le mappe di calore per piastre a pozzetti:

• Bordo della piastra a pozzetti: per impostazione predefinita, gli angoli sono arrotondati. Fai clic in un punto qualsiasi della mappa di calore per regolare le impostazioni del bordo.
• Personalizzazione della visualizzazione dei pozzetti: regola lo spazio tra i pozzetti, la larghezza del bordo e il colore del bordo in base alle tue esigenze.
• Margine e spaziatura interna: il margine regola lo spazio tra le etichette delle righe e delle colonne e la piastra. La spaziatura interna influisce sullo spazio tra i pozzetti e il bordo della piastra.

Per tutte le opzioni di personalizzazione, consulta Come personalizzare il grafico.

Suggerimenti per la risoluzione dei problemi

Ci sono pozzetti vuoti nella mappa di calore della piastra a pozzetti? 

Se vuoi mostrare i pozzetti vuoti insieme ai tuoi dati, assicurati di inserire i nomi delle righe e delle colonne per questi pozzetti. Se le etichette vengono lasciate vuote, la mappa di calore potrebbe apparire incompleta.

Hai bisogno di opzioni di clustering o analisi? 

Stiamo lavorando attivamente a queste funzionalità. Resta sintonizzato! L'agente esegue solo le analisi supportate da Graphing, quindi non può ancora eseguire il clustering. 

Vuoi passare da un tipo di mappa di calore all'altro? 

Puoi passare dalle mappe di calore standard alle mappe di calore per piastre a pozzetti e viceversa dal menu a discesa. Tieni presente che non tutte le personalizzazioni vengono mantenute, quindi potrebbe essere necessario modificare alcune impostazioni dopo il passaggio. Ti consigliamo di duplicare il grafico prima di provare un tipo di visualizzazione diverso.

L'agente non ha creato la mappa di calore che avevo richiesto. 

Indica il tipo di mappa di calore desiderato oppure scegline uno dal pannello “Grafici” nella scheda Dati.

Hai bisogno di aiuto? Contatta il nostro team di supporto all'indirizzo support@biorender.com oppure avvia una chat dal vivo facendo clic sul fumetto "Chat With Us" nell'angolo in basso a destra.