Erstellen von Heatmaps und Wellplatten-Heatmaps in BioRender Graphing

Wenn Sie mit Daten arbeiten, die Muster, Intensitäten oder Variationen über eine gitterartige Struktur erfassen – wie Temperaturmessungen, Genexpressionsniveaus oder Wellplatten-Assays – kann eine Heatmap eine großartige Möglichkeit sein, Ihre Daten zu visualisieren. Wellplatten-Heatmaps und Heatmaps ermöglichen es Ihnen, Trends und Ausreißer schnell zu erkennen, indem Farben Werte darstellen, was die Interpretation und Kommunikation Ihrer Ergebnisse erleichtert. So können Sie sie in BioRender Graph erstellen.

Schritt-für-Schritt-Anleitung

Schritt 1: Fügen Sie Ihre Daten in BioRender Graph ein

Der Smart Data Import organisiert Ihre Daten für Sie.

• Jeder Wert im Datensatz entspricht derselben Position auf der Heatmap (z. B. befindet sich Zeile 1, Spalte 1 in der oberen linken Ecke).
• Sie können Ihre eigenen Daten direkt in den Datensatz einfügen.

Schritt 2: Wählen Sie Heatmap oder Wellplatten-Heatmap und wählen Sie Ihre Variablen aus

Klicken Sie auf „Neu erstellen“. Wenn Sie das Graph-Menü öffnen, sehen Sie zwei Heatmap-Optionen: reguläre Heatmaps und Wellplatten-Heatmaps.

• Reguläre Heatmaps: Vielseitig und für eine Vielzahl von Datensätzen verwendbar.
• Wellplatten-Heatmaps: Speziell für Daten aus Wellplatten konzipiert, wobei jede Zelle eine Zeile und Spalte der Platte repräsentiert.

Schritt 3: Fügen Sie Ihre Variablen hinzu

Geben Sie die Variablen für Zeilenfaktor, Spaltenfaktor und Werte an. Zeilen- und Spaltenfaktor sollten auf die Variablen gesetzt werden, die Ihre Zeilen- und Spaltenkennungen enthalten. Klicken Sie auf „Weiter“.

Schritt 4: Passen Sie Ihre Wellplatten- oder Heatmap an

Sie können viele Elemente der Heatmap anpassen, ähnlich wie bei anderen BioRender Graph-Visualisierungen, einschließlich Schriftart, Diagrammtitel und Achsenbeschriftungen.

Passen Sie Ihre unabhängige Achse an

Passen Sie Ihre abhängige Achse an

Passen Sie Ihre Legende an

Passen Sie Ihren Diagrammtitel an

Passen Sie Ihre Beispieldaten an

Für sowohl Heatmaps als auch Wellplatten-Heatmaps:

• Daten-Normalisierung: Skalierung nach Zeile oder Spalte anwenden. Führt eine Z-Score-Standardisierung pro Zeile oder Spalte durch. Die Wertbeschriftungen, Elementfarben und die Farbskala passen sich automatisch an, um die Änderungen widerzuspiegeln.

• Anpassung der Farbskala: Klicken Sie auf die Farbskala, um das Anpassungsmenü zu öffnen, in dem Sie die Position im Diagramm ändern und den Rahmen sowie den Hintergrund anpassen können.

Nur für Heatmaps:

• Heatmap-Form: Die Standardform ist quadratisch, aber Sie können den Eckenradius anpassen, indem Sie auf „Eckenradius“ klicken und die Rundung erhöhen.
• Abstand und Rand: Sie können den Abstand zwischen den Zellen und den Rand zwischen den Zeilen-/Spaltenbeschriftungen und den Zellen anpassen. Ein Abstand von 0 entfernt Lücken zwischen Datenpunkten, während der Rand zusätzlichen Platz schafft.

Nur für Wellplatten-Heatmaps:

• Wellplatten-Rahmen: Abgerundete Ecken sind Standard, aber Sie können die Rahmen-Einstellungen anpassen, indem Sie irgendwo auf die Heatmap klicken.

• Anpassung der Well-Darstellung: Passen Sie den Abstand zwischen den Wells, die Rahmenbreite und die Rahmenfarbe an, um Ihre Visualisierung zu optimieren.

• Rand und Innenabstand: Der Rand passt den Abstand zwischen den Zeilen-/Spaltenbeschriftungen und der Platte an, während der Innenabstand den Raum zwischen den Wells und dem Rand der Platte beeinflusst.

Fehlerbehebungstipps

Leere Wells in Ihrer Wellplatten-Heatmap?

Wenn Sie leere Wells neben Ihren Daten anzeigen möchten, stellen Sie sicher, dass Sie Zeilen- und Spaltennamen für diese Wells eingeben. Wenn die Beschriftungen leer bleiben, kann die Heatmap unvollständig erscheinen.

Benötigen Sie Clustering- oder Analyseoptionen?

Wir arbeiten aktiv an diesen Funktionen – bleiben Sie dran!

Wechseln zwischen Heatmap-Typen?

Sie können im Dropdown-Menü zwischen regulären Heatmaps und Wellplatten-Heatmaps wechseln. Beachten Sie, dass nicht alle Anpassungen übernommen werden, sodass Sie nach dem Wechsel möglicherweise einige Einstellungen anpassen müssen. Wir empfehlen, Ihre Grafik zu duplizieren, bevor Sie einen anderen Visualisierungstyp ausprobieren.