在 BioRender Graphing 中创建 Heatmaps 和 Well Plate Heatmaps

如果您处理的数据展现了网格结构中的模式、强度或变化，例如温度读数、基因表达水平或孔板检测结果，那么热图可以很好地将数据可视化。孔板热图和热图使用颜色表示数值，让您可以快速识别趋势和异常值，从而更轻松地解读和传达您的研究结果。以下介绍如何在 BioRender Graphing 中创建这些图表。

📌 Beta 版： Graphing 代理目前处于 Beta 版阶段。 

开始前

BioRender Graphing 提供两种热图选项：

1. 常规热图：用途广泛，可用于各种数据集。
2. 孔板热图：专为孔板数据设计，每个单元格代表孔板中的一行和一列。

无论您以哪种方式创建热图：

• 数据集中的每个值都对应于热图中的相同位置（例如，第 1 行、第 1 列位于左上角）。
• 您可以将自己的数据直接粘贴到数据集中。
• Smart Data Import 会为您整理数据。

选择创建热图的方式

1. 使用 Graphing 代理：上传数据并描述您想要的热图。
2. 手动创建：从“Graphs”面板中选择热图，然后自行分配变量。

您可以随时在两种方式之间切换。

使用 Graphing 代理

第 1 步：添加数据

1. 打开一个新的 Graphing 文件。
2. 点击代理消息中的“Upload data”，或点击聊天框中的“+”按钮。
3. 选择文件，选择所需的数据集，然后点击“Import data”。
4. 代理会描述您的数据，并突出显示它检测到的变量。

请参阅如何在 BioRender Graphing 中添加数据。

第 2 步：请求创建热图

在聊天中请求您想要的热图。例如：“Create a well plate heatmap from [dataset name].”代理会建议适合您数据的图表类型。您可以回复“是”，或确认您想要其他类型的图表。 

第 3 步：检查变量并创建图表

代理会告诉您图表所需的内容，并分配您的变量。请检查“Row factor”和“Column factor”是否分别与行标识符和列标识符相匹配。如果它无法判断您所指的是哪个变量，就会向您提问。当方案看起来正确时，点击“Create the graph”。 

第 4 步：自定义热图

点击“Ask BioRender”，然后描述您想要的更改。例如：“Change the color of the heatmap from blue to red.” 

• 说出您想要自定义的部分，例如“颜色条”或“行标签”。请注意，您无法点击图表元素并将其发送到聊天中。
• 如果您不喜欢某项更改，请点击左上角的撤销箭头，或请求代理撤销该操作。
• 如果代理无法完成某项操作，它会告诉您无法完成的内容。请重新表述请求，或在“Customize Graph”面板中手动编辑。 

有关代理的更多信息，请参阅如何在 BioRender Graphing 中使用 Graphing 代理（Beta 版）。

手动创建

第 1 步：添加数据

在“Data”选项卡中点击“Blank spreadsheet”，然后粘贴或输入数据。

第 2 步：选择 Heatmap 或 Well plate heatmap

点击“Create New”，然后打开 Graph 菜单。选择“Heatmap”或“Well plate heatmap”。

第 3 步：添加变量

为“Row factor”、“Column factor”和“Values”指定变量。行因子和列因子应设置为包含行标识符和列标识符的变量。在 Graph 详情面板中分配每个变量。预览显示正确后，点击 “Continue”。

第 4 步：自定义孔板热图或热图

您可以像自定义其他 BioRender Graphing 可视化图表一样，自定义热图的许多元素，包括字体、图表标题和轴标签。

点击 Graph 选项卡右上角的“Customize graph”，或点击图表中您想要更改的部分。您可以自定义：

• 独立轴
• 因变量轴
• 图例
• Graph 标题
• 示例数据

对于热图和孔板热图：

• 数据标准化：按行或列应用缩放。这会对每行或每列执行 Z-score 标准化。数值标签、元素颜色和颜色条会自动调整，以反映更改。
• 颜色条自定义：点击颜色条打开自定义菜单，您可以在其中更改其在图中的位置，以及调整边框和背景。

仅适用于热图：

• 热图形状：默认形状为正方形。增大圆角半径可将边角变为曲线。
• 间距和边距：调整单元格之间的间距，以及行列标签与单元格之间的边距。将间距设置为 0 可移除数据点之间的间隙。边距会增加额外空间。

仅适用于孔板热图：

• 孔板边框：默认使用圆角。点击热图中的任意位置即可调整边框设置。
• 孔显示自定义：调整孔之间的间隙、边框宽度和边框颜色，以符合您的可视化需求。
• 边距和内边距：边距用于调整行列标签与孔板之间的间隙。内边距影响孔与孔板边缘之间的空间。

有关所有自定义选项，请参阅如何自定义图表。

故障排除提示

孔板热图中有空孔？ 

如果您想在数据显示的同时显示空孔，请务必为这些孔输入行名和列名。如果标签留空，热图可能显示不完整。

需要聚类或分析选项？ 

我们正在积极开发这些功能。敬请期待！代理只能运行 Graphing 支持的分析，因此目前还无法运行聚类分析。 

想要切换热图类型？ 

您可以通过下拉菜单在常规热图和孔板热图之间切换。请注意，并非所有自定义设置都会保留，因此切换后可能需要调整某些设置。我们建议您在尝试其他可视化类型之前复制图表。

代理没有创建我请求的热图。 

告诉代理您想要的热图类型，或在“Data”选项卡的“Graphs”面板中自行选择一种。

需要帮助？ 请通过 support@biorender.com 联系我们的支持团队，或点击右下角的 "Chat With Us" 气泡发起在线聊天。