Introduzione a BioRender Graphing

BioRender Graphing è lo strumento di analisi e creazione di grafici statistici di BioRender. L'agente Graphing ti porta dai dati grezzi a un grafico di qualità editoriale in pochi minuti, e puoi modificarlo manualmente in qualsiasi momento del processo. Riunisce in un unico flusso di lavoro l'importazione dei dati, la creazione dei grafici, il rilevamento dei valori anomali e l'analisi statistica, così non è necessaria alcuna preparazione manuale dei dati, non devi imparare a usare nuovi strumenti e non devi passare da uno strumento all'altro.

Puoi anche creare più grafici dallo stesso dataset senza ristrutturare i dati, utilizzare test preliminari integrati che consigliano il test statistico più adatto e spiegano il perché, nonché importare i tuoi file Prism esistenti. Tutto viene archiviato in modo sicuro in BioRender.

📌 Beta: l'agente Graphing è attualmente in versione beta. 

In questo articolo imparerai a:

• Creare un file Graphing
• Aggiungere i tuoi dati
• Creare un grafico con l'agente IA di BioRender
• Esaminare i valori anomali ed eseguire un'analisi statistica
• Personalizzare il grafico
• Gestire più grafici, uniformare gli stili ed esportare il lavoro
• Utilizzare Style Match
• Export dei grafici e delle analisi

Creare un file BioRender Graphing

Dalla tua Gallery:

1. Fai clic su “Create New” nell'angolo in alto a sinistra.
2. Seleziona “Graph”.
3. Fai clic su “New Graphing”.

Come è organizzato un file Graphing

Schede in alto: “Data”, “Graph” e “Analysis”.

• “Data”: importa e gestisci i tuoi dataset
• “Graph”: crea, visualizza e personalizza i grafici
• “Analysis”: esegui ed esamina le analisi statistiche
• Agente IA di BioRender: la casella di chat “Ask BioRender”. 

Fai clic su di essa per aprire la conversazione. L'agente rimane disponibile in tutte e tre le schede e conserva la conversazione e i dati quando passi da una scheda all'altra, quindi non devi mai ricominciare o caricare nuovamente i dati.

Passaggio 1: aggiungere i dati

1. Apri il nuovo file Graphing. L'agente ti dà il benvenuto e spiega cosa può fare: aiutarti a caricare un foglio di calcolo, creare grafici ed eseguire analisi.
2. Fai clic su “Upload data” nel messaggio dell'agente oppure sul pulsante “+” nella casella di chat. Entrambe le opzioni avviano la stessa importazione. Puoi aggiungere altri dati in questo modo in qualsiasi momento.
3. Scegli il file. Formati supportati: .csv, .xls, .xlsx, .prism e .pzfx (fino a 50 MB). 
4. Nella finestra “Select datasets from your file”, esamina i dataset trovati dall'agente. Per ciascuno vengono mostrati il numero di righe e di colonne.
5. Seleziona i dataset desiderati oppure scegli “Select All”, quindi fai clic su “Import data”.
6. L'agente conferma ciò che ha aggiunto. Descrive quindi ciò che vede, evidenzia le variabili rilevate e suggerisce un tipo di grafico.

Altri modi per iniziare manualmente da un file vuoto

1. Blank spreadsheet: incolla o digita i tuoi dati. Al termine, fai clic su “Re-detect variables”.
2. Prova un dataset di esempio: esplora dati di esempio già pronti.
3. Add dataset (in alto a destra): aggiungi un altro dataset in qualsiasi momento. 

💡 Importi dati da GraphPad Prism? BioRender supporta i file .prism (il formato più recente). I file .pzfx meno recenti importeranno solo i dati. Consulta la guida completa: Importare dati da GraphPad Prism. 

Per conoscere tutti i passaggi e i limiti dei dati, consulta Come aggiungere i dati in BioRender Graphing.

Passaggio 2: creare un grafico

Con l'agente IA di BioRender 

1. Dopo aver inserito i dati, l'agente consiglia un tipo di grafico. Puoi anche richiederne uno tu. Ad esempio: "Aiutami a impostare un grafico dal dataset [nome del dataset]."
2. L'agente suggerisce un tipo di grafico adatto ai tuoi dati e ti chiede di confermare. Conferma il tipo di grafico o richiedine uno diverso.
3. L'agente indica ciò che è necessario per il grafico (ad esempio, un asse X numerico e un asse Y numerico) e assegna le variabili.
4. L'agente mostra un piano che riassume il grafico. Fai clic su “Create the graph”.
5. L'agente ti aiuta automaticamente a navigare nell'interfaccia e fornisce interazioni cliccabili per portarti alla sezione desiderata.
6. L'agente suggerisce il passaggio successivo, ad esempio l'adattamento di un'analisi per confrontare linee cellulari. Conferma oppure chiedigli di eseguire un'altra operazione.
7. Modifica il grafico tramite l'agente.
8. Annulla le modifiche con un solo clic oppure chiedi all'agente di annullare l'azione.

Esempio: creazione di una curva dose-risposta con l'agente Graphing (con la chat nel pannello laterale).

💡 Suggerimenti per prompt efficaci

• Indica il dataset, le variabili o i gruppi con cui stai lavorando. L'agente utilizza le variabili rilevate da BioRender.
• Se l'agente non è sicuro di quale variabile o gruppo intendi, chiederà un chiarimento. Rispondi in linguaggio semplice oppure fai clic sui suggerimenti.
• Se un suggerimento non è corretto, indica cosa vuoi al suo posto.
• Se l'agente non è in grado di eseguire un'operazione, ti dirà cosa non ha potuto completare. Prova a riformulare la richiesta oppure utilizza i passaggi manuali riportati di seguito.

Opzione manuale

1. Nella scheda Data, apri il pannello “Graphs” sulla destra. Cerca o sfoglia i tipi di grafico.
2. Fai clic sul grafico che vuoi creare. Verrai indirizzato alla pagina di modifica di Graph.
3. Nel pannello dei dettagli di Graph, assegna le variabili. L'anteprima del grafico si aggiorna in tempo reale mentre compili ogni campo.
4. Quando l'anteprima è corretta, fai clic su “Continue”.

Esplorare la pagina Graph

• Dettagli di Graph (a sinistra): dataset, variabili e raggruppamento. Fai clic su “Edit” per modificarli.
• Analysis (a sinistra): fai clic su “Run new analysis”. I tuoi report vengono visualizzati sotto. Un'analisi dei valori anomali (ROUT) viene eseguita automaticamente.
• Personalizza grafico (in alto a destra): apre il pannello Customize graph.
• Barra degli strumenti (in alto): “Resize graph”, “Style match” e “Comment”.
• Dati visualizzati (sotto il grafico): i dati alla base di ciò che vedi.
• “Ask BioRender” (in basso al centro): fai clic per continuare a lavorare con l'agente.

💡 Devi confermare o salvare i dettagli del grafico prima di poter eseguire una nuova analisi statistica o personalizzare il grafico. Se “Run new analysis” non sembra rispondere, verifica se il pannello dei dettagli di Graph è ancora aperto in modalità di modifica. In tal caso, chiudilo o confermalo prima.

Modificare in un secondo momento i dettagli del grafico

I dettagli di Graph (tipo, variabili, dataset) possono essere riaperti in qualsiasi momento con “Edit”. Quando riapri i dettagli del grafico in modalità di modifica, una richiesta ti chiede se vuoi mantenere o eliminare le modifiche non salvate prima di confermare i cambiamenti.

Passaggio 3: esaminare il rilevamento dei valori anomali

Il rilevamento dei valori anomali viene eseguito automaticamente su ogni grafico. Non è necessario avviarlo manualmente. BioRender utilizza il metodo ROUT (Robust regression and Outlier removal) per il rilevamento dei valori anomali. 

Puoi anche chiedere all'agente di aggiungere il rilevamento dei valori anomali al grafico.

Cosa vedrai

• Il numero di valori anomali rilevati appare nel pannello a sinistra.
• I valori anomali vengono rilevati ed evidenziati automaticamente nella tabella dei dati sotto il grafico.
• Fai clic sul report dei valori anomali per aprire il report completo, che mostra:
  • Numero totale di punti dati analizzati
  • Numero di valori anomali rilevati
  • Suddivisione dei valori anomali per gruppo

Regolare la sensibilità con il parametro Q

Se vuoi modificare il livello di severità con cui vengono identificati i valori anomali, puoi regolare il parametro Q:

1. Apri il report dei valori anomali.
2. Fai clic su “Update settings”.
3. Inserisci un valore Q compreso tra 0,1 e 10:
   • Valori più bassi = più rigoroso (vengono segnalati meno valori anomali)
   • Valori più alti = più permissivo (vengono segnalati più valori anomali)
4. Fai clic su “Rerun” per applicare la soglia aggiornata e visualizzare i risultati modificati.

💡 Questa funzione è utile quando vuoi verificare quanto sia borderline un determinato valore anomalo, ad esempio per confermare se un punto dati sia un valore anomalo definitivo oppure si trovi semplicemente al limite.

Escludere punti dati

Hai due opzioni per gestire i valori anomali e altri punti dati che vuoi escludere:

1. “Exclude individual data points”: fai clic con il pulsante destro del mouse su qualsiasi punto dati, inclusi quelli non anomali, per escluderlo manualmente.
2. “Exclude all detected outliers at once”: usa la casella di controllo “Exclude all outliers” nel report dei valori anomali per includere o escludere tutti i valori anomali con un solo clic. Attivala o disattivala per confrontare i risultati.

Per ulteriori informazioni, consulta Informazioni sul rilevamento dei valori anomali (metodo ROUT).

Passaggio 4: personalizzare il grafico

Con l'agente IA di BioRender: fai clic su “Ask BioRender” e descrivi la modifica. Ad esempio:

• "Imposta i colori in scala di grigi, ma mantieni il composto B in rosso."
• "Cambia tutti i punti dati in forme a rombo."
• "Rendi neri tutti i punti dati inferiori a y = 2 o superiori a y = 98."
• "Colora in rosso i punti dati del composto B compresi tra 9,899 e 103,1 sull'asse x."

I dati sottostanti rimangono invariati. L'agente apporta le modifiche utilizzando gli stessi strumenti di Graphing in BioRender, quindi il grafico resta completamente modificabile manualmente. Puoi annullare una modifica con la freccia Annulla nell'angolo in alto a sinistra oppure chiedere all'agente di annullare l'azione. 

Manualmente: fai clic su “Customize graph” nell'angolo in alto a destra della scheda Graph. Nel pannello Customize graph:

• Display data: scegli come vengono rappresentati i dati.
• Appearance: imposta il tema dei colori, il carattere e il colore.
• Additional settings: attiva o disattiva il titolo del grafico, i titoli degli assi, le etichette degli assi e la legenda.

Per modificare una parte specifica del grafico, fai clic direttamente su di essa: sui dati, su un asse, sulla legenda o su un titolo, quindi utilizza la scheda "Customize Graph".

Per prompt, suggerimenti e tutte le opzioni manuali, consulta Come personalizzare il grafico.

Passaggio 5: eseguire un'analisi statistica

Con l'agente IA di BioRender

1. Nella chat, digita "esegui un'analisi" oppure indica l'analisi desiderata.
2. L'agente elenca le analisi disponibili per il tipo di grafico. 
3. Fai clic su un suggerimento oppure digita quello desiderato.
4. Segui le richieste dell'agente per configurare l'analisi. 
5. Esamina i risultati nella scheda “Analysis” e apporta le modifiche finali nel modulo strutturato.. 
6. Quindi fai clic su “Run Analysis”.

💡 Le analisi disponibili dipendono dal tipo di grafico. L'agente esegue solo le analisi supportate da Graphing.

Manualmente

1. Nella pagina Graph, fai clic su “Run new analysis”.
2. Viene visualizzato un modulo strutturato con tre sezioni.

Sezione 1: tipo di analisi

Quando possibile, la guida all'analisi di BioRender Graphing consiglia automaticamente il test statistico più appropriato in base ai tuoi dati. Il test consigliato è contrassegnato da un badge.

• Puoi ignorare il suggerimento aprendo il menu a discesa per visualizzare tutte le opzioni disponibili.
• Se selezioni un test che non corrisponde alle ipotesi dei tuoi dati (ad esempio, scegliendo un test parametrico quando i dati non sono normali), un avviso spiega perché il test consigliato rimane preferibile.
• Alcuni test possono apparire disattivati se i dati non soddisfano i requisiti. Per capire il motivo, controlla il tooltip.

Selezionare i gruppi categoriali

• Per impostazione predefinita, sono inclusi tutti i gruppi del grafico.
• Deseleziona i gruppi che non vuoi includere in questa analisi specifica.

Sezione 2: ottimizzare l'analisi

Questa sezione consente di regolare le impostazioni statistiche dell'analisi. Le opzioni disponibili possono variare in base al tipo di analisi selezionato. BioRender consiglierà le impostazioni sulla base dei test preliminari eseguiti sui dati, ma puoi modificarle se necessario.

• Data setup: definisci come sono organizzati i dati per l'analisi. Le opzioni disponibili dipendono dal metodo selezionato.
• Advanced options: espandi questa sezione per accedere ad altre impostazioni di configurazione, se disponibili.
• Assumptions: alcune analisi includono ipotesi configurabili sui dati. Ove applicabile, puoi esaminare e modificare queste impostazioni.

Sezione 3: Options e impostazioni aggiuntive

Alcune analisi includono opzioni aggiuntive che consentono di perfezionare il modo in cui i risultati vengono confrontati e calcolati. Queste impostazioni vengono mostrate solo quando sono pertinenti all'analisi selezionata e le opzioni consigliate vengono applicate automaticamente.

• Comparisons: ove applicabile, scegli come confrontare gruppi o condizioni. Può includere il confronto di tutti i gruppi o la selezione di confronti specifici.
• Follow-up test: alcune analisi includono test di follow-up facoltativi per esaminare le differenze tra i gruppi. Puoi selezionare un metodo o utilizzare l'opzione consigliata.
• Automatic recommendations: BioRender suggerirà impostazioni appropriate in base al tipo di analisi e ai dati, ma puoi modificarle se necessario.

Visualizzare i risultati

Al termine dell'analisi:

• Nel pannello Analysis vengono visualizzati una tabella completa dei risultati e le statistiche descrittive.
• I confronti significativi vengono aggiunti automaticamente al grafico con indicatori di significatività.
• Usa le caselle di controllo nel pannello Graph per attivare o disattivare i risultati visualizzati sul grafico.
• Puoi eseguire più analisi sullo stesso grafico e controllare quali visualizzare.

Gestire più grafici: vista Graph Grid

Man mano che il file cresce, utilizza la “Graph Grid View” (scheda Graph) per visualizzare rapidamente tutti i grafici del file.

Navigare nella vista

• Cerca un grafico per nome
• Filtra per dataset per restringere la ricerca ai grafici di una specifica tabella dati
• Sort by nome, data di creazione o ultima modifica

Nota: la vista Graph Grid mostra solo i grafici presenti nel file corrente. I grafici di altri file non verranno visualizzati qui.

Azioni collettive

Seleziona uno o più grafici per accedere alle azioni collettive:

• “Duplicate”: utile per creare una variante di un grafico esistente (ad esempio, passare da un grafico a barre a un box plot o modificare una variabile).
• “Style match”: copia lo stile di un grafico e lo applica ad altri grafici (vedi sotto).
• “Delete”.

Uniformare lo stile 

Crea grafici visivamente coerenti utilizzando “Style Match” con pochi clic: caratteri, colori, formattazione degli assi, spaziatura e altro. Puoi applicare uno stile direttamente dalla vista Graph Grid senza aprire i singoli grafici.

Come utilizzarlo

1. Seleziona il grafico da cui vuoi copiare lo stile nella vista Graph Grid oppure nel grafico singolo.
2. Fai clic su “Style match” > “Copy style”.
3. Seleziona uno o più grafici di destinazione.
4. Fai clic su “Paste style”.
5. I grafici selezionati adotteranno lo stile del grafico inizialmente scelto.

Quando copi uno stile, puoi scegliere quali categorie applicare:

• Stile di Graph: (selezionato per impostazione predefinita): colori, spaziatura, linee, caratteri
• Indicatori statistici: (selezionato per impostazione predefinita): confronti a coppie, linee di miglior adattamento
• Dimensioni e misure di Graph: utile per figure con pannelli coerenti
• Intervallo e scala degli assi: utile se hai impostato una scala logaritmica o una spaziatura personalizzata dei tick

Per una procedura completa, consulta Come copiare lo stile di un grafico utilizzando Style Match in BioRender Graphing.

Esportare grafici e analisi

Come esportare il grafico

1. Apri il grafico da esportare nella scheda “Graph”. Assicurati di trovarti nella scheda corretta (Data, Graph o Analysis). L'esportazione scaricherà la scheda selezionata.
2. Fai clic sul pulsante blu “Export” in alto a destra nella pagina di BioRender.
3. Seleziona il tipo di file e la risoluzione desiderati.
4. Fai clic su “Export” per scaricare il grafico.

Come esportare le analisi

1. Apri l'analisi da esportare nella scheda “Analysis”.
2. Fai clic sul pulsante blu “Export” in alto a destra nella pagina di BioRender.
3. Seleziona l'analisi che vuoi esportare.
4. Fai clic su “Export” per scaricare l'analisi come file .CSV o PDF.

❗ Importante: se devi modificare il grafico in un'altra applicazione, esportalo come file SVG. Potrai quindi modificarlo con strumenti di modifica vettoriale come Adobe Illustrator e Affinity Designer.

Importare dati da GraphPad Prism

Se disponi di file Prism esistenti, puoi importarli direttamente in BioRender Graphing, inclusi dati, grafici e analisi.

Formato file supportato

• BioRender supporta il formato .prism (il formato Prism più recente).
• I file .pzfx meno recenti sono supportati parzialmente. I dati verranno importati, ma non i grafici e le analisi.
• Per importare un file .pzfx mantenendo grafici e analisi, salvalo nuovamente come file .prism in GraphPad Prism, quindi importalo.

Come importare

1. Nel file Graphing, fai clic su “Upload data” (oppure su “+” nella chat dell'agente IA di BioRender) e seleziona il file .prism.
2. Vengono visualizzati tutti i dataset del file. Selezionali tutti oppure scegline alcuni.
3. L'importazione di grafici e analisi è attivata per impostazione predefinita. Se vuoi importare solo i dati grezzi, deseleziona questa opzione.
4. Fai clic su “Import data”.

Per ulteriori informazioni, consulta Come importare i file Prism in BioRender Graphing.

Aggiungere grafici a un'illustrazione

Puoi utilizzare direttamente i file BioRender Graphing nei file di illustrazione di BioRender.

1. Dall'editor delle illustrazioni: utilizza il pannello di inserimento dei grafici nell'editor per sfogliare e inserire i grafici dai tuoi file BioRender Graphing. Una volta inseriti nella tela, fai clic sui singoli elementi del grafico per applicare lo stile direttamente.
2. Dalla vista Graph Grid: seleziona uno o più grafici e utilizza Add to illustration per inserirli in un file di illustrazione esistente. Una finestra ti consente di scegliere il file a cui inviarli.

Hai bisogno di aiuto? Contatta il nostro team di supporto all'indirizzo support@biorender.com oppure avvia una chat dal vivo facendo clic sul fumetto "Chat With Us" nell'angolo in basso a destra.