开始使用 BioRender Graphing 开始使用 BioRender Graphing

开始使用 BioRender Graphing

BioRender Graphing 是 BioRender 全新的统计绘图与分析工具,可在几分钟内将原始数据转换为符合出版质量要求的图表。它将数据导入、数据自动准备、图表创建、异常值检测和统计分析整合到一个统一的工作流程中——告别手动准备数据和在工具之间切换。 

无需复制和粘贴即可拖放数据文件;无需重构数据即可从同一数据集创建多个图表;还可以使用内置预检功能,该功能会推荐合适的统计检验并解释原因。您还可以导入现有的 Prism 文件,所有内容都会安全地存储在 BioRender 中。本文介绍完整的端到端体验——从导入数据到运行和解读分析。

概览

如何创建 BioRender Graphing 文件 

从您的 Gallery 中:

  1. 点击左上角的“Create New”。
  2. 选择“Graph”。
  3. 点击“New Graphing”。

4. 探索可创建的内容。在“Explore what you can create with BioRender Graphing”窗口中,查看可用的图表和分析:

  • 在左侧选择一个类别:比较组、关系与趋势、曲线与测定、整体组成部分或生存分析。
  • 浏览该类别下的图表和分析。“Available now”下的项目已可使用。
  • 查看“Coming soon”项目,例如直方图、森林图、三因素 ANOVA 和嵌套 ANOVA。
  • 点击“Coming soon”项目旁的铃铛图标,以便在其可用时收到通知。
  • 准备继续时,关闭窗口(X)。

第 1 步:输入数据

有两种方式可以将数据导入 BioRender Graphing 文件。

  1. 上传数据集(Smart Data Import)
  2. 空白电子表格

选项 1:使用 Smart Data Import 上传数据集

  1. 在“Data”选项卡中,点击 “Upload dataset”。
  2. 选择您的 Excel、CSV 或 .prism 文件:
    • 包含多个工作表的文件会显示所有可用工作表——选择全部或选择其中一个。 
    • 对于 .prism 文件,导入图表和分析的选项默认处于开启状态。如果您只需要原始数据,请取消勾选此选项)。
  3. 选择要导入的数据集。
  4. 点击“Import data”进行确认。
  5. 在导入预览中查看自动检测到的变量。
  6. 如有需要,编辑变量名称或分配。
  7. 点击“Import Data”进行确认。
  8. 在导入预览中查看自动检测到的变量。
  9. 如有需要,编辑变量名称或分配。

💡 从 GraphPad Prism 导入?BioRender 支持 .prism 文件(最新格式)。较旧的 .pzfx 文件只能导入数据。请参阅完整指南:从 GraphPad Prism 导入

选项 2:Blank spreadsheet 

  1. 在“Data”选项卡中点击 Blank spreadsheet。
  2. 复制并粘贴数据。
  3. 右键点击任意单元格,按需添加或删除行和列。

点击 Re-detect variables 来分析您的数据集——BioRender Graphing 将使用 Smart Data Import 的步骤自动检测变量,帮助您准备创建图表。

所有数据集的建议

  • 上传:File 大小上限(所有文件类型):50 MB
  • 上传或手动输入数据到空白电子表格:创建图表和运行分析时,Recommended 最多 5,000 个数据点。超过此数量的文件可能会运行得非常缓慢。

CSV 或 Excel 文件的 Recommended 数据限制

为获得最佳性能,请将数据保持在以下限制范围内:

限制 Recommended 值
最大列数 50
最大行数 10,000

这些限制可确保:

  • 处理速度快(少于 10 秒)
  • 与统计分析功能兼容
  • 所有数据类型均可可靠导入

数据集的组织方式

每个 BioRender Graphing 文件包含三个选项卡:

  1. Data——导入和管理数据集
  2. Graph——创建、查看和自定义图表
  3. Analysis——Run 和查看统计分析

导入后,每个数据集都会以选项卡的形式显示在“Data”选项卡底部。您可以在数据集之间点击切换以查看数据。当前数据集的变量会列在左侧面板中。

在数据视图中,您可以:

  • 手动添加或删除变量、行或列
  • 重命名变量
  • 查看哪些图表链接到了每个数据集

第 2 步:创建图表

创建您的第一个图表

  1. 在“Data”选项卡的数据集中,点击右侧要创建的图表。

  2. 此时会进入 Graph editing 页面。
  3. 分配变量——填写每个字段时,图表预览会实时更新。
  4. 预览效果符合要求后,点击“Continue”。

自定义图表

点击“Continue”后,自定义面板会在屏幕右侧打开。 

Settings 按以下部分进行组织:

显示数据(首先显示——这是最常用的设置)

  • 选择要绘制的内容:带标准差的均值、带 SEM 的均值等。
  • 开启或关闭“显示单个数据点”。

颜色和字体

  • 调整图表颜色、字体样式和大小。

其他设置

  • 访问坐标轴格式、间距和线条的更多高级选项。

💡 在运行新的统计分析或自定义图表之前,必须确认或保存图表详细信息。如果 Run Analysis 按钮没有响应,请检查图表详细信息面板是否仍处于编辑模式——先关闭或确认该面板。 

使用 BioRender AI 自定义(Beta)

您可以在“Quick edit”聊天框中使用 BioRender AI 自定义图表。只需描述您希望进行的更改,例如更新颜色、标签、坐标轴或数据点样式,BioRender AI 就会为您应用这些更改。底层数据保持不变,您可以继续手动编辑,也可以随时撤销更改。有关更多信息,请参阅使用 BioRender AI 自定义图表(Beta)。

示例:“对于活动高于 98% 或低于 2% 的所有数据点,将填充色设为红色”

 

创建图表后编辑图表详细信息

Graph 详细信息(类型、变量、数据集)可随时重新打开和编辑。以编辑模式重新打开图表详细信息时,系统会询问您是否要在确认更改前保留或放弃未保存的编辑内容。

第 3 步:查看异常值检测

异常值检测会自动对每个图表运行——无需手动触发。BioRender 使用 ROUT(稳健 regression and Outlier removal,稳健回归和异常值移除)方法检测异常值。 

您将看到的内容

  • 检测到的异常值数量会显示在左侧面板中。
  • 系统会自动检测异常值,并在图表下方的数据表中突出显示。
  • 点击异常值报告以打开完整报告,其中显示:
    • 分析的数据点总数
    • 检测到的异常值数量
    • 按组划分的异常值明细

使用 Q 参数调整灵敏度

如果您希望更改识别异常值的严格程度,可以调整 Q 参数:

  1. 打开异常值报告。
  2. 点击“Update settings”。
  3. 输入 0.1 到 10 之间的 Q 值:
    • 值越低 = 越严格(标记的异常值更少)
    • 值越高 = 越宽松(标记的异常值更多)
  4. 点击“Rerun”以应用更新后的阈值并查看修订后的结果。

提示:当您想测试某个异常值处于临界状态的程度时,此功能很有用——例如,确认某个数据点是明确的异常值,还是仅处于边界。

排除数据点

您有两种方式来处理异常值和其他希望排除的数据点:

  1. 排除单个数据点:右键点击任意数据点(包括非异常值),即可手动将其排除。 
  2. 一次性排除所有检测到的异常值:在异常值报告中使用“Exclude all outliers”复选框,一键切换所有异常值的排除状态。开启或关闭此选项即可比较结果。

有关更多信息,请参阅了解异常值检测(ROUT 方法)。

第 4 步:Run 统计分析

开始分析

  1. 在 Graph 编辑页面中,点击 Run analysis。
  2. 系统会显示一个包含三个部分的结构化表单:
第 1 部分——分析类型 

在可能的情况下,BioRender Graphing 的分析指南会根据您的数据自动推荐最合适的统计检验。推荐的检验会以徽章标记。

  • 您可以打开下拉菜单查看所有可用选项,从而覆盖该推荐。
  • 如果您选择的检验不符合数据的假设(例如,数据不符合正态分布却选择参数检验),警告推荐会解释为什么推荐的检验仍然更合适。
  • 如果您的数据不满足要求,某些检验可能会显示为灰色——请查看工具提示以了解原因。
选择分类组
  • 默认情况下,图表中的所有组都会被纳入。
  • 取消选择不希望纳入此次分析的组。 
第 2 部分——微调分析

此部分允许您调整分析的统计设置。可用选项可能因所选分析类型而异。BioRender 会根据对数据运行的预检推荐设置,但您可以根据需要进行修改。

  • 数据设置:定义数据在分析中的组织方式。可用选项取决于您选择的方法。
  • 高级选项:展开此部分以访问其他配置设置(如有)。
  • 假设:某些分析包含可配置的数据假设。在适用的情况下,您可以查看并调整这些设置。

示例(可用选项可能有所不同)

第 3 部分——Options 和其他设置

某些分析包含其他选项,用于细化结果的比较和计算方式。这些设置仅在与所选分析相关时显示,系统会自动应用推荐选项。

  • 比较:在适用的情况下,选择组或条件的比较方式。这可能包括比较所有组或选择特定比较。
  • 后续检验:某些分析包含可选的后续检验,用于探究组间差异。您可以选择一种方法或使用推荐选项。
  • 自动推荐:BioRender 会根据您的分析类型和数据建议合适的设置,但您可以根据需要进行调整。

示例(可用选项可能有所不同) 

查看结果

分析运行后:

  • “Analysis”面板中会显示完整的结果表和描述性统计。
  • 显著性比较会自动添加到图表中,并带有显著性标记。
  • 使用 Graph 面板中的复选框,切换图表上显示的结果。
  • 您可以在同一图表上运行多个分析,并控制显示哪些分析。

Graph 选项卡中“Analysis”面板示例:


管理多个图表:Graph Grid 视图

随着文件内容增多,使用 Graph Grid 视图(Graph 选项卡)即可一览文件中的所有图表。

浏览视图

  • 按名称搜索图表
  • 按数据集筛选,以缩小到特定数据表中的图表
  • 按名称、创建日期或最后修改时间 Sort by

注意:Graph Grid 视图仅显示当前文件中的图表。其他文件中的图表不会显示在此处。

批量操作

选择一个或多个图表即可访问批量操作:

  • 复制——适用于创建现有图表的变体(例如,将柱状图切换为箱线图,或调整一个变量)
  • 样式匹配——复制一个图表的样式并应用到其他图表(见下文)
  • 删除

样式匹配

只需点击几下,即可使用 Style Match 创建视觉上统一的图表——包括字体、颜色、坐标轴格式、间距等。应用图表样式的整个过程都可以在 Graph Grid 视图中完成,无需打开单个图表。

使用方法:

  1. 在 Graph Grid 视图或单个图表中,选择要复制其样式的图表。
  2. 点击“Style match”→ Copy style。
  3. 选择一个或多个目标图表。
  4. 点击 Paste style。
  5. 所选图表将与最初选择的图表采用相同样式。

复制样式时,您可以选择要应用的类别:

  • Graph 样式(默认勾选):颜色、间距、线条、字体 
  • 统计标记(默认勾选):成对比较、最佳拟合线 
  • Graph 大小和尺寸:适用于创建一致的面板图
  • 坐标轴范围和刻度:如果您设置了对数刻度或自定义刻度间距,此选项很有用

有关如何使用 Style Match 的完整说明,请参阅本文:如何在 BioRender Graphing 中使用 Style Match 复制图表样式


导出图表和分析

如何导出图表

  1. 在 Graphing 选项卡中打开要导出的图表。
    • 确保您位于正确的选项卡(Data、Graph、Analysis)。导出时会下载您所选的选项卡。
  2. 点击 BioRender 页面右上角的蓝色 “Export” 按钮。
  3. 选择所需的文件类型和分辨率。
  4. 点击 “Export” 下载图表。

如何导出分析

  1. 在“Analysis”选项卡中打开要导出的分析。
  2. 点击 BioRender 页面右上角的蓝色 “Export” 按钮。
  3. 选择要导出的分析。
  4. 点击 “Export”,将分析下载为 .csv 文件或 PDF 文件。

❗重要提示:如果您需要在其他应用程序中编辑图表,请将图表导出为 SVG 文件,这样您就可以在 Adobe Illustrator、Affinity Designer 等矢量编辑工具中进行编辑。


从 GraphPad Prism 导入

如果您已有 Prism 文件,可以将其直接导入 BioRender Graphing,包括数据、图表和分析。

支持的文件格式

  • BioRender 支持 .prism 文件格式(最新的 Prism 格式)。
  • 较旧的 .pzfx 文件仅部分支持——可以导入数据,但不能导入图表和分析。
  • 若要完整保留图表和分析并导入 .pzfx 文件,请先在 GraphPad Prism 中将其另存为 .prism 文件,然后再导入。

导入方法

  1. 在“Data”选项卡中,点击 Upload dataset 并选择 .prism 文件。
  2. 文件中的所有数据集都会显示出来——选择全部或选择特定数据集。
  3. 导入图表和分析的选项默认处于开启状态。如果您只需要原始数据,请取消勾选此选项。
  4. 点击“Import”。

有关导入 .prism 文件的更多信息,请参阅本文。


将图表添加到插图

您可以直接在 BioRender 插图文件中使用 BioRender Graphing 文件。

  1. 从插图编辑器中——使用编辑器内的图表插入面板,浏览并插入 BioRender Graphing 文件中的图表。图表位于画布上后,点击单个图表元素即可直接设置其样式。
  2. 从 Graph Grid 视图中——选择一个或多个图表,然后使用“Add to illustration”将其添加到现有插图文件中。系统会打开一个模态窗口,让您选择要发送到的文件。

需要帮助?请通过 support@biorender.com 联系我们的支持团队,或点击右下角的 “Chat With Us” 气泡开始在线聊天。

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