开始使用 BioRender Graphing

BioRender Graphing 是 BioRender 的统计绘图和分析工具。Graphing 代理可在几分钟内将原始数据转换为符合出版质量要求的图表，并且您可以随时手动编辑。它将数据导入、图表创建、异常值检测和统计分析整合到一个工作流中，因此无需手动准备数据、学习新工具或在工具之间切换。

您还可以基于同一数据集创建多个图表，而无需重构数据；使用内置的预检验功能，该功能会推荐合适的统计检验并解释原因；还可以导入现有的 Prism 文件。所有内容都会安全地存储在 BioRender 中。

📌 Beta 版： Graphing 代理目前处于 Beta 阶段。 

本文将介绍如何：

• 创建 Graphing 文件
• 添加数据
• 使用 BioRender AI 代理创建图表
• 查看异常值并运行统计分析
• 自定义图表
• 管理多个图表、匹配样式并导出作品
• 使用 Style Match
• 导出图表和分析结果

创建 BioRender Graphing 文件

在您的 Gallery 中：

1. 点击左上角的“Create New”。
2. 选择“Graph”。
3. 点击“New Graphing”。

Graphing 文件的结构

顶部的选项卡包括：“Data”、“Graph”和“Analysis”。

• “Data”：导入和管理数据集
• “Graph”：创建、查看和自定义图表
• “Analysis”：运行和查看统计分析
• BioRender AI 代理：“Ask BioRender”聊天框。 

点击它即可打开对话。代理在三个选项卡中都可用；切换选项卡时，对话和数据会保留，因此无需重新开始或重新上传。

第 1 步：添加数据

1. 打开新的 Graphing 文件。代理会向您问候并说明其功能：帮助您上传电子表格、创建图表和运行分析。
2. 在代理消息中点击“Upload data”，或点击聊天框中的“+”按钮。两种方式都会启动相同的导入流程。您可以随时通过此方式添加更多数据。
3. 选择文件。支持的格式：.csv、.xls、.xlsx、.prism 和 .pzfx（最大 50 MB）。 
4. 在“Select datasets from your file”窗口中，查看代理找到的数据集。每个数据集都会显示其行数和列数。
5. 选择所需的数据集，或选择“Select All”，然后点击“Import data”。
6. 代理会确认添加的内容，然后描述它识别到的信息、突出显示检测到的变量，并建议图表类型。

从空白文件手动开始的其他方式

1. Blank spreadsheet：粘贴或输入您自己的数据。完成后，点击“Re-detect variables”。
2. 尝试示例数据集：使用现成的示例数据进行探索。
3. 添加数据集（右上角）：随时添加其他数据集。 

💡 从 GraphPad Prism 导入？BioRender 支持 .prism 文件（最新格式）。较旧的 .pzfx 文件只能导入数据。请参阅完整指南：从 GraphPad Prism 导入。 

有关完整步骤和数据限制，请参阅如何在 BioRender Graphing 中添加数据。

第 2 步：创建图表

使用 BioRender AI 代理 

1. 数据添加后，代理会推荐图表类型。您也可以自行提出请求。例如：“Help me set up a graph from [dataset name].”
2. 代理会根据您的数据建议合适的图表类型，并要求您确认。确认图表类型，或请求其他图表。
3. 代理会告诉您该图表所需的内容（例如数值型 X 轴和数值型 Y 轴），并分配变量。
4. 代理会显示总结图表的计划。点击“Create the graph”。
5. 代理会自动帮助您浏览界面，并提供可点击的交互以引导您到相应位置。
6. 代理会建议下一步操作，例如拟合分析以比较细胞系。确认该操作，或要求它执行其他操作。
7. 通过代理编辑图表。
8. 一键撤销编辑，或要求代理撤销操作。

示例：使用 Graphing 代理创建剂量-反应曲线（聊天窗口位于侧面板）。

💡 编写有效提示的技巧

• 说出您正在使用的数据集、变量或组的名称。代理会根据 BioRender 检测到的变量进行操作。
• 如果代理不确定您指的是哪个变量或组，它会进行澄清。请使用自然语言回答，或点击其建议。
• 如果建议不正确，请说明您希望如何处理。
• 如果代理无法执行某项操作，它会告诉您无法完成的内容。请尝试改写请求，或使用下方的手动步骤。

手动选项

1. 在 Data 选项卡中，打开右侧的“Graphs”面板。搜索或浏览图表类型。
2. 点击要创建的图表。这会将您带到 Graph 编辑页面。
3. 在 Graph 详情面板中分配变量。填写每个字段时，图表预览会实时更新。
4. 预览效果正确后，点击 “Continue”。

探索 Graph 页面

• Graph 详情（左侧）：数据集、变量和分组。点击 “Edit” 进行更改。
• Analysis（左侧）：点击“Run new analysis”。报告会显示在下方。异常值分析（ROUT）会自动运行。
• 工具栏（顶部）：“Resize graph”、“Style match”和“Comment”。
• 自定义图表（右上角）：打开 Customize graph 面板。
• 显示的数据（图表下方）：您所看到内容背后的数据。
• “Ask BioRender”（底部中央）：点击以继续使用代理。

💡 在运行新的统计分析或自定义图表之前，必须确认或保存图表详情。如果“Run new analysis”没有响应，请检查 Graph 详情面板是否仍处于编辑模式。如果是，请先关闭或确认。

稍后编辑图表详情

Graph 详情（类型、变量、数据集）可随时通过 “Edit” 重新打开。在编辑模式下重新打开图表详情时，系统会询问您是在确认更改前保留还是放弃未保存的编辑。

第 3 步：查看异常值检测

异常值检测会在每个图表上自动运行，无需手动触发。BioRender 使用 ROUT（稳健 regression and Outlier removal，稳健回归和异常值移除）方法检测异常值。 

您也可以要求代理将异常值检测添加到图表中。

您将看到的内容

• 左侧面板会显示检测到的异常值数量。
• 系统会自动检测异常值，并在图表下方的数据表中突出显示。
• 点击异常值报告即可打开完整报告，其中显示：
  • 分析的数据点总数
  • 检测到的异常值数量
  • 按组划分的异常值明细

使用 Q 参数调整灵敏度

如果您想更改异常值识别的严格程度，可以调整 Q 参数：

1. 打开异常值报告。
2. 点击“Update settings”。
3. 输入 0.1 到 10 之间的 Q 值：
   • 较低的值 = 更严格（标记较少的异常值）
   • 较高的值 = 更宽松（标记较多的异常值）
4. 点击“Rerun”以应用更新后的阈值并查看修订结果。

💡 当您想测试某个异常值处于临界状态的程度时，此功能非常有用，例如确认某个数据点是明确的异常值，还是仅处于边界。

排除数据点

对于异常值和其他想要排除的数据点，您有两种处理方式：

1. “Exclude individual data points”：右键点击任意数据点（包括非异常值），手动将其排除。
2. “Exclude all detected outliers at once”：使用异常值报告中的“Exclude all outliers”复选框，一键切换是否排除所有异常值。打开或关闭该选项即可比较结果。

有关更多信息，请参阅了解异常值检测（ROUT 方法）。

第 4 步：自定义图表

使用 BioRender AI 代理：点击“Ask BioRender”并描述更改内容。例如：

• “将颜色改为灰度，但保留化合物 B 为红色。”
• “将所有数据点改为菱形。”
• “将所有小于 y = 2 或大于 y = 98 的数据点设为黑色。”
• “将 x 轴上介于 9.899 和 103.1 之间的化合物 B 数据点设为红色。”

底层数据不会改变。代理使用 BioRender 中相同的 Graphing 工具进行更改，因此您仍可完全手动编辑图表。您可以点击左上角的撤销箭头撤销更改，或要求代理撤销操作。 

手动操作：点击 Graph 选项卡右上角的“Customize graph”。在 Customize graph 面板中：

• Display data：选择数据的绘制方式。
• Appearance：设置颜色主题、字体和颜色。
• Additional settings：打开或关闭图表标题、轴标题、轴标签和图例。

要编辑图表的特定部分，请直接点击该部分：数据、坐标轴、图例或标题，然后使用“Customize Graph”选项卡。

有关提示、技巧和所有手动选项，请参阅如何自定义图表。

第 5 步：运行统计分析

使用 BioRender AI 代理

1. 在聊天中输入“run an analysis”，或说出您想运行的分析。
2. 代理会列出适用于您图表类型的分析。 
3. 点击建议，或输入您想要的分析。
4. 按照代理提示设置分析。 
5. 在“Analysis”选项卡中查看结果，并在结构化表单中进行最终调整。 
6. 然后点击“Run Analysis”。

💡 可用的分析取决于您的图表类型。代理只会运行 Graphing 支持的分析。

手动操作

1. 在 Graph 页面中，点击“Run new analysis”。
2. 系统会显示包含三个部分的结构化表单。

第 1 部分：分析类型

在可能的情况下，BioRender Graphing 的分析指导会根据您的数据自动推荐最合适的统计检验。推荐的检验会带有标记。

• 您可以打开下拉菜单查看所有可用选项，并覆盖该推荐。
• 如果选择的检验不符合数据假设（例如数据不服从正态分布却选择参数检验），系统会显示警告，解释为什么推荐的检验仍然更合适。
• 如果数据不符合要求，某些检验可能会显示为灰色。请查看工具提示以了解原因。

选择分类组

• 默认情况下，图表中的所有组都会被包括。
• 取消选择不想纳入此次分析的组。

第 2 部分：微调分析

此部分可用于调整分析的统计设置。可用选项可能因所选分析类型而异。BioRender 会根据对数据运行的预检验推荐设置，但您可以在需要时修改这些设置。

• 数据设置：定义数据在分析中的组织方式。可用选项取决于所选方法。
• 高级选项：如有可用设置，展开此部分即可访问其他配置选项。
• 假设：某些分析包含可配置的数据假设。适用时，您可以查看并调整这些设置。

第 3 部分：选项和其他设置

某些分析包含其他选项，可用于细化结果的比较和计算方式。这些设置仅在与所选分析相关时显示，并会自动应用推荐选项。

• 比较：在适用情况下，选择组或条件的比较方式。这可能包括比较所有组，或选择特定比较。
• 后续检验：某些分析包含可选的后续检验，用于探索组间差异。您可以选择一种方法，或使用推荐选项。
• 自动推荐：BioRender 会根据分析类型和数据建议合适的设置，但您可以在需要时进行调整。

查看结果

分析运行后：

• Analysis 面板中会显示完整结果表和描述性统计。
• 显著性比较会自动添加到图表中，并显示显著性标记。
• 使用 Graph 面板中的复选框，切换图表上显示的结果。
• 您可以在同一图表上运行多个分析，并控制显示哪些分析。

管理多个图表：Graph Grid View

随着文件内容增加，使用“Graph Grid View”（Graph 选项卡）即可一览文件中的所有图表。

浏览视图

• 按名称搜索图表
• 按数据集筛选，以缩小到特定数据表中的图表
• 按名称、创建日期或最后修改时间排序

注意：Graph Grid View 仅显示当前文件中的图表。其他文件中的图表不会显示在此处。

批量操作

选择一个或多个图表即可使用批量操作：

• “Duplicate”：用于创建现有图表的变体（例如将柱状图切换为箱线图，或调整一个变量）。
• “Style match”：复制一个图表的样式并应用到其他图表（见下文）。
• “Delete”。

样式匹配 

只需几次点击，即可使用“Style Match”创建视觉统一的图表，包括字体、颜色、坐标轴格式、间距等。您无需打开单个图表，即可直接在 Graph Grid View 中应用样式。

使用方法

1. 在 Graph Grid View 或单个图表中选择要复制其样式的图表。
2. 点击“Style match” > “Copy style”。
3. 选择一个或多个目标图表。
4. 点击“Paste style”。
5. 所选图表将与最初选择的图表样式一致。

复制样式时，您可以选择要应用的类别：

• Graph 样式（默认选中）：颜色、间距、线条、字体
• 统计标记（默认选中）：成对比较、最佳拟合线
• Graph 大小和尺寸：适用于保持面板图的一致性
• 坐标轴范围和刻度：适用于已设置对数刻度或自定义刻度间距的情况

完整操作指南请参阅如何在 BioRender Graphing 中使用 Style Match 复制图表样式。

导出图表和分析结果

如何导出图表

1. 在“Graph”选项卡中打开要导出的图表。确保位于正确的选项卡（Data、Graph 或 Analysis）。导出时会下载您所选择的选项卡。
2. 点击 BioRender 页面右上角的蓝色 “Export” 按钮。
3. 选择所需的文件类型和分辨率。
4. 点击 “Export” 下载图表。

如何导出分析结果

1. 在“Analysis”选项卡中打开要导出的分析。
2. 点击 BioRender 页面右上角的蓝色 “Export” 按钮。
3. 选择要导出的分析。
4. 点击 “Export”，将分析下载为 .CSV 或 PDF 文件。

❗ 重要提示：如果需要在其他应用程序中编辑图表，请将其导出为 SVG 文件。之后可以使用 Adobe Illustrator 和 Affinity Designer 等矢量编辑工具进行编辑。

从 GraphPad Prism 导入

如果您已有 Prism 文件，可以将其直接导入 BioRender Graphing，包括数据、图表和分析。

支持的文件格式

• BioRender 支持 .prism 文件格式（最新的 Prism 格式）。
• 较旧的 .pzfx 文件仅部分支持。数据可以导入，但图表和分析无法导入。
• 若要完整保留图表和分析并导入 .pzfx 文件，请先在 GraphPad Prism 中将其重新保存为 .prism 文件，然后再导入。

导入方法

1. 在 Graphing 文件中，点击“Upload data”（或 BioRender AI 代理聊天中的“+”），然后选择 .prism 文件。
2. 文件中的所有数据集都会显示。选择全部，或选择特定数据集。
3. 默认开启导入图表和分析。如果只需要原始数据，请取消选中此选项。
4. 点击“Import data”。

有关更多信息，请参阅 如何将 Prism 文件导入 BioRender Graphing。

将图表添加到插图

您可以直接在 BioRender 插图文件中使用 BioRender Graphing 文件。

1. 在插图编辑器中：使用编辑器内的图表插入面板，浏览并插入 BioRender Graphing 文件中的图表。图表位于画布后，点击单个图表元素即可直接设置样式。
2. 在 Graph Grid View 中：选择一个或多个图表，然后使用 Add to illustration 将其添加到现有插图文件中。系统会显示窗口供您选择要发送到的文件。

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