BioRender Graphing 是 BioRender 全新的统计绘图与分析工具,可在几分钟内将原始数据转换为符合出版质量要求的图表。它将数据导入、数据自动准备、图表创建、异常值检测和统计分析整合到一个统一的工作流程中——告别手动准备数据和在工具之间切换。
无需复制和粘贴即可拖放数据文件;无需重构数据即可从同一数据集创建多个图表;还可以使用内置预检功能,该功能会推荐合适的统计检验并解释原因。您还可以导入现有的 Prism 文件,所有内容都会安全地存储在 BioRender 中。本文介绍完整的端到端体验——从导入数据到运行和解读分析。
概览
如何创建 BioRender Graphing 文件
从您的 Gallery 中:
- 点击左上角的“Create New”。
- 选择“Graph”。
- 点击“New Graphing”。
4. 探索可创建的内容。在“Explore what you can create with BioRender Graphing”窗口中,查看可用的图表和分析:
- 在左侧选择一个类别:比较组、关系与趋势、曲线与测定、整体组成部分或生存分析。
- 浏览该类别下的图表和分析。“Available now”下的项目已可使用。
- 查看“Coming soon”项目,例如直方图、森林图、三因素 ANOVA 和嵌套 ANOVA。
- 点击“Coming soon”项目旁的铃铛图标,以便在其可用时收到通知。
- 准备继续时,关闭窗口(X)。
第 1 步:输入数据
有两种方式可以将数据导入 BioRender Graphing 文件。
- 上传数据集(Smart Data Import)
- 空白电子表格
选项 1:使用 Smart Data Import 上传数据集
- 在“Data”选项卡中,点击 “Upload dataset”。
- 选择您的 Excel、CSV 或 .prism 文件:
- 包含多个工作表的文件会显示所有可用工作表——选择全部或选择其中一个。
- 对于 .prism 文件,导入图表和分析的选项默认处于开启状态。如果您只需要原始数据,请取消勾选此选项)。
- 选择要导入的数据集。
- 点击“Import data”进行确认。
- 在导入预览中查看自动检测到的变量。
- 如有需要,编辑变量名称或分配。
- 点击“Import Data”进行确认。
- 在导入预览中查看自动检测到的变量。
- 如有需要,编辑变量名称或分配。
💡 从 GraphPad Prism 导入?BioRender 支持 .prism 文件(最新格式)。较旧的 .pzfx 文件只能导入数据。请参阅完整指南:从 GraphPad Prism 导入
选项 2:Blank spreadsheet
- 在“Data”选项卡中点击 Blank spreadsheet。
- 复制并粘贴数据。
- 右键点击任意单元格,按需添加或删除行和列。
点击 Re-detect variables 来分析您的数据集——BioRender Graphing 将使用 Smart Data Import 的步骤自动检测变量,帮助您准备创建图表。
所有数据集的建议
- 上传:File 大小上限(所有文件类型):50 MB
- 上传或手动输入数据到空白电子表格:创建图表和运行分析时,Recommended 最多 5,000 个数据点。超过此数量的文件可能会运行得非常缓慢。
CSV 或 Excel 文件的 Recommended 数据限制
为获得最佳性能,请将数据保持在以下限制范围内:
| 限制 | Recommended 值 |
| 最大列数 | 50 |
| 最大行数 | 10,000 |
这些限制可确保:
- 处理速度快(少于 10 秒)
- 与统计分析功能兼容
- 所有数据类型均可可靠导入
数据集的组织方式
每个 BioRender Graphing 文件包含三个选项卡:
- Data——导入和管理数据集
- Graph——创建、查看和自定义图表
- Analysis——Run 和查看统计分析
导入后,每个数据集都会以选项卡的形式显示在“Data”选项卡底部。您可以在数据集之间点击切换以查看数据。当前数据集的变量会列在左侧面板中。
在数据视图中,您可以:
- 手动添加或删除变量、行或列
- 重命名变量
- 查看哪些图表链接到了每个数据集
第 2 步:创建图表
创建您的第一个图表
-
在“Data”选项卡的数据集中,点击右侧要创建的图表。
- 此时会进入 Graph editing 页面。
- 分配变量——填写每个字段时,图表预览会实时更新。
- 预览效果符合要求后,点击“Continue”。
自定义图表
点击“Continue”后,自定义面板会在屏幕右侧打开。
Settings 按以下部分进行组织:
显示数据(首先显示——这是最常用的设置)
- 选择要绘制的内容:带标准差的均值、带 SEM 的均值等。
- 开启或关闭“显示单个数据点”。
颜色和字体
- 调整图表颜色、字体样式和大小。
其他设置
- 访问坐标轴格式、间距和线条的更多高级选项。
💡 在运行新的统计分析或自定义图表之前,必须确认或保存图表详细信息。如果 Run Analysis 按钮没有响应,请检查图表详细信息面板是否仍处于编辑模式——先关闭或确认该面板。
使用 BioRender AI 自定义(Beta)
您可以在“Quick edit”聊天框中使用 BioRender AI 自定义图表。只需描述您希望进行的更改,例如更新颜色、标签、坐标轴或数据点样式,BioRender AI 就会为您应用这些更改。底层数据保持不变,您可以继续手动编辑,也可以随时撤销更改。有关更多信息,请参阅使用 BioRender AI 自定义图表(Beta)。
示例:“对于活动高于 98% 或低于 2% 的所有数据点,将填充色设为红色”
创建图表后编辑图表详细信息
Graph 详细信息(类型、变量、数据集)可随时重新打开和编辑。以编辑模式重新打开图表详细信息时,系统会询问您是否要在确认更改前保留或放弃未保存的编辑内容。
第 3 步:查看异常值检测
异常值检测会自动对每个图表运行——无需手动触发。BioRender 使用 ROUT(稳健 regression and Outlier removal,稳健回归和异常值移除)方法检测异常值。
您将看到的内容
- 检测到的异常值数量会显示在左侧面板中。
- 系统会自动检测异常值,并在图表下方的数据表中突出显示。
-
点击异常值报告以打开完整报告,其中显示:
- 分析的数据点总数
- 检测到的异常值数量
- 按组划分的异常值明细
使用 Q 参数调整灵敏度
如果您希望更改识别异常值的严格程度,可以调整 Q 参数:
- 打开异常值报告。
- 点击“Update settings”。
-
输入 0.1 到 10 之间的 Q 值:
- 值越低 = 越严格(标记的异常值更少)
- 值越高 = 越宽松(标记的异常值更多)
- 点击“Rerun”以应用更新后的阈值并查看修订后的结果。
提示:当您想测试某个异常值处于临界状态的程度时,此功能很有用——例如,确认某个数据点是明确的异常值,还是仅处于边界。
排除数据点
您有两种方式来处理异常值和其他希望排除的数据点:
- 排除单个数据点:右键点击任意数据点(包括非异常值),即可手动将其排除。
- 一次性排除所有检测到的异常值:在异常值报告中使用“Exclude all outliers”复选框,一键切换所有异常值的排除状态。开启或关闭此选项即可比较结果。
有关更多信息,请参阅了解异常值检测(ROUT 方法)。
第 4 步:Run 统计分析
开始分析
- 在 Graph 编辑页面中,点击 Run analysis。
- 系统会显示一个包含三个部分的结构化表单:
第 1 部分——分析类型
在可能的情况下,BioRender Graphing 的分析指南会根据您的数据自动推荐最合适的统计检验。推荐的检验会以徽章标记。
- 您可以打开下拉菜单查看所有可用选项,从而覆盖该推荐。
- 如果您选择的检验不符合数据的假设(例如,数据不符合正态分布却选择参数检验),警告推荐会解释为什么推荐的检验仍然更合适。
- 如果您的数据不满足要求,某些检验可能会显示为灰色——请查看工具提示以了解原因。
选择分类组
- 默认情况下,图表中的所有组都会被纳入。
- 取消选择不希望纳入此次分析的组。
第 2 部分——微调分析
此部分允许您调整分析的统计设置。可用选项可能因所选分析类型而异。BioRender 会根据对数据运行的预检推荐设置,但您可以根据需要进行修改。
- 数据设置:定义数据在分析中的组织方式。可用选项取决于您选择的方法。
- 高级选项:展开此部分以访问其他配置设置(如有)。
- 假设:某些分析包含可配置的数据假设。在适用的情况下,您可以查看并调整这些设置。
示例(可用选项可能有所不同)
第 3 部分——Options 和其他设置
某些分析包含其他选项,用于细化结果的比较和计算方式。这些设置仅在与所选分析相关时显示,系统会自动应用推荐选项。
- 比较:在适用的情况下,选择组或条件的比较方式。这可能包括比较所有组或选择特定比较。
- 后续检验:某些分析包含可选的后续检验,用于探究组间差异。您可以选择一种方法或使用推荐选项。
- 自动推荐:BioRender 会根据您的分析类型和数据建议合适的设置,但您可以根据需要进行调整。
示例(可用选项可能有所不同)
查看结果
分析运行后:
- “Analysis”面板中会显示完整的结果表和描述性统计。
- 显著性比较会自动添加到图表中,并带有显著性标记。
- 使用 Graph 面板中的复选框,切换图表上显示的结果。
- 您可以在同一图表上运行多个分析,并控制显示哪些分析。
Graph 选项卡中“Analysis”面板示例:
管理多个图表:Graph Grid 视图
随着文件内容增多,使用 Graph Grid 视图(Graph 选项卡)即可一览文件中的所有图表。
浏览视图
- 按名称搜索图表
- 按数据集筛选,以缩小到特定数据表中的图表
- 按名称、创建日期或最后修改时间 Sort by
注意:Graph Grid 视图仅显示当前文件中的图表。其他文件中的图表不会显示在此处。
批量操作
选择一个或多个图表即可访问批量操作:
- 复制——适用于创建现有图表的变体(例如,将柱状图切换为箱线图,或调整一个变量)
- 样式匹配——复制一个图表的样式并应用到其他图表(见下文)
- 删除
样式匹配
只需点击几下,即可使用 Style Match 创建视觉上统一的图表——包括字体、颜色、坐标轴格式、间距等。应用图表样式的整个过程都可以在 Graph Grid 视图中完成,无需打开单个图表。
使用方法:
- 在 Graph Grid 视图或单个图表中,选择要复制其样式的图表。
- 点击“Style match”→ Copy style。
- 选择一个或多个目标图表。
- 点击 Paste style。
- 所选图表将与最初选择的图表采用相同样式。
复制样式时,您可以选择要应用的类别:
- Graph 样式(默认勾选):颜色、间距、线条、字体
- 统计标记(默认勾选):成对比较、最佳拟合线
- Graph 大小和尺寸:适用于创建一致的面板图
- 坐标轴范围和刻度:如果您设置了对数刻度或自定义刻度间距,此选项很有用
有关如何使用 Style Match 的完整说明,请参阅本文:如何在 BioRender Graphing 中使用 Style Match 复制图表样式
导出图表和分析
如何导出图表
- 在 Graphing 选项卡中打开要导出的图表。
- 确保您位于正确的选项卡(Data、Graph、Analysis)。导出时会下载您所选的选项卡。
- 点击 BioRender 页面右上角的蓝色 “Export” 按钮。
- 选择所需的文件类型和分辨率。
- 点击 “Export” 下载图表。
如何导出分析
- 在“Analysis”选项卡中打开要导出的分析。
- 点击 BioRender 页面右上角的蓝色 “Export” 按钮。
- 选择要导出的分析。
- 点击 “Export”,将分析下载为 .csv 文件或 PDF 文件。
❗重要提示:如果您需要在其他应用程序中编辑图表,请将图表导出为 SVG 文件,这样您就可以在 Adobe Illustrator、Affinity Designer 等矢量编辑工具中进行编辑。
从 GraphPad Prism 导入
如果您已有 Prism 文件,可以将其直接导入 BioRender Graphing,包括数据、图表和分析。
支持的文件格式
- BioRender 支持 .prism 文件格式(最新的 Prism 格式)。
- 较旧的 .pzfx 文件仅部分支持——可以导入数据,但不能导入图表和分析。
- 若要完整保留图表和分析并导入 .pzfx 文件,请先在 GraphPad Prism 中将其另存为 .prism 文件,然后再导入。
导入方法
- 在“Data”选项卡中,点击 Upload dataset 并选择 .prism 文件。
- 文件中的所有数据集都会显示出来——选择全部或选择特定数据集。
- 导入图表和分析的选项默认处于开启状态。如果您只需要原始数据,请取消勾选此选项。
- 点击“Import”。
有关导入 .prism 文件的更多信息,请参阅本文。
将图表添加到插图
您可以直接在 BioRender 插图文件中使用 BioRender Graphing 文件。
- 从插图编辑器中——使用编辑器内的图表插入面板,浏览并插入 BioRender Graphing 文件中的图表。图表位于画布上后,点击单个图表元素即可直接设置其样式。
- 从 Graph Grid 视图中——选择一个或多个图表,然后使用“Add to illustration”将其添加到现有插图文件中。系统会打开一个模态窗口,让您选择要发送到的文件。
需要帮助?请通过 support@biorender.com 联系我们的支持团队,或点击右下角的 “Chat With Us” 气泡开始在线聊天。