温度測定値、遺伝子発現レベル、ウェルプレートアッセイなど、グリッド状の構造全体にわたるパターン、強度、変動を捉えたデータを扱う場合、ヒートマップはデータを可視化する優れた方法です。ウェルプレートヒートマップとヒートマップでは、色を使って値を表すことで、傾向や外れ値をすばやく特定でき、結果の解釈や共有が容易になります。ここでは、BioRender Graphで作成する方法を説明します。
手順ガイド
ステップ 1：データをBioRender Graphに追加する
Smart Data Importがデータを整理します。
- データセット内の各値は、ヒートマップ上の同じ位置に対応します（例：1行目、1列目は左上隅に配置されます）。
- 独自のデータをデータセットに直接貼り付けることができます。
ステップ 2：ヒートマップまたはウェルプレートヒートマップを選択し、変数を選択する
「Create New」をクリックします。Graphメニューを開くと、通常のヒートマップとウェルプレートヒートマップという2つのヒートマップオプションが表示されます。
- 通常のヒートマップ：汎用性が高く、さまざまなデータセットに使用できます。
- ウェルプレートヒートマップ：ウェルプレートのデータ専用に設計されており、各セルがプレートの行と列を表します。
ステップ 3：変数を追加する
Row Factor、Column Factor、Valuesの変数を指定します。Row FactorとColumn Factorには、それぞれ行と列の識別子を含む変数を設定します。「“Continue”」をクリックします。
ステップ 4：ウェルプレートまたはヒートマップをカスタマイズする
他のBioRender Graphの可視化と同様に、フォント、グラフタイトル、軸ラベルなど、ヒートマップのさまざまな要素をカスタマイズできます。
独立軸をカスタマイズする
従属軸をカスタマイズする
凡例をカスタマイズする
Graphのタイトルをカスタマイズする
サンプルデータをカスタマイズする
ヒートマップとウェルプレートヒートマップの両方で利用できる機能：
- データの正規化：行または列ごとにスケールを適用します。行または列ごとにZスコア標準化を実行します。値ラベル、要素の色、カラーバーは、変更内容を反映して自動的に調整されます。
- Colorバーのカスタマイズ：カラーバーをクリックしてカスタマイズメニューを開くと、プロット上の位置を変更したり、枠線や背景を調整したりできます。
ヒートマップのみで利用できる機能：
- ヒートマップの形状：デフォルトの形状は正方形ですが、「Corner radius」をクリックして曲線を大きくすることで、角の丸みを調整できます。
- 間隔と余白：セル間の間隔、および行／列ラベルとセルの間の余白を調整できます。間隔を0に設定するとデータポイント間の隙間がなくなり、余白を設定すると追加のスペースが生まれます
ウェルプレートヒートマップのみで利用できる機能：
- ウェルプレートの枠線：デフォルトでは角が丸くなっていますが、ヒートマップ上の任意の場所をクリックして枠線の設定を調整できます。
- ウェル表示のカスタマイズ：可視化に合わせて、ウェル間の間隔、枠線の幅、枠線の色を調整できます。
- 余白とパディング：余白は行／列ラベルとプレートの間隔を調整し、パディングはウェルとプレートの端の間のスペースに影響します。
トラブルシューティングのヒント
ウェルプレートヒートマップに空のウェルがありますか？
データと併せて空のウェルを表示する場合は、それらのウェルの行名と列名を入力してください。ラベルを空白のままにすると、ヒートマップが不完全に表示されることがあります。
クラスタリングまたは分析オプションが必要ですか？
これらの機能には現在積極的に取り組んでいます。今しばらくお待ちください！
ヒートマップの種類を切り替えますか？
ドロップダウンメニューから、通常のヒートマップとウェルプレートヒートマップを切り替えることができます。ただし、すべてのカスタマイズが引き継がれるわけではないため、切り替え後に一部の設定を調整する必要がある場合があります。別の可視化タイプを試す前に、グラフを複製することをおすすめします。
