借助 ChemRender Beta，您可以在 BioRender 中直接使用分子名称或 SMILES 字符串（一种常见的化学格式）生成准确的二维化学结构。随后，您可以微调其外观（例如原子颜色和线条粗细），还可以调整大小、旋转和透明度。
添加分子的方式
您可以通过以下两种方式导入分子：
- 按分子名称搜索（最适用于常见的已知化合物）
- 粘贴 SMILES 字符串（最适用于新型或未公开的化合物）
💡 提示：对于反应式，请分别导入每个反应物/产物分子，然后在 BioRender 中使用箭头和标签构建反应式。
1. 按分子名称导入
BioRender 会在美国国立卫生研究院（NIH）的 PubChem 数据库中搜索已命名的分子。
按名称导入的步骤：
-
Open BioRender 编辑器
- 从侧边栏中选择 ChemRender。
- 按名称搜索
- 输入常用名称（效果最佳）或其他同义词。
- 目视检查匹配的分子
- 检查相应的二维结构以及下方显示的匹配名称。
- 添加到画布
- 平移、调整大小并旋转分子，使其适合您的插图
- 使用编辑面板调整样式
- 调整原子颜色、粗细（粗体/重线）和透明度等样式
💡 提示：如果第一次搜索没有结果，请尝试其他常用同义词。某些标识符（例如 CAS 编号或制造商 ID）可能有效，但不如常用名称可靠。
2. 导入 SMILES
SMILES 是一种常见的化学格式，用文本字符串对分子结构进行编码（例如，阿司匹林的 SMILES 字符串为：CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O）。
导入 SMILES 的步骤：
-
Open BioRender 编辑器
- 从侧边栏中选择 ChemRender。
- 渲染您的 SMILES 字符串
- 粘贴您的 SMILES 字符串。
- 目视检查生成的分子
- 检查相应的二维结构
- 注意：从 SMILES 生成的结构不会带有关联名称。
- 添加到画布
- 平移、调整大小并旋转分子，使其适合您的插图
- 使用编辑面板调整样式
- 调整原子颜色、粗细（粗体/重线）和透明度等样式
💡 提示：如果您使用 SMILES 导入，请确保字符串中包含立体化学信息（例如使用 @ / @@）。如果缺少这些信息，导入的结构将不会指定立体化学。
常见问题
“ChemRender”支持哪些文件格式？
目前支持 分子名称和 SMILES。
“ChemRender”支持立体化学吗？
ChemRender 支持立体化学。如果您按名称添加分子，它会显示检索到的结构中已知的立体化学信息。如果您通过 SMILES 导入，则必须在 SMILES 中对立体化学进行编码；否则将不会指定立体化学。
“ChemRender”支持反应式吗？
目前不支持导入完整反应式，但您可以导入各个小分子，然后使用 BioRender 的箭头/文本框构建反应式。
如何获取 SMILES 字符串？
- 从 ChemDraw 或 ChemSketch 等工具中Export/复制 SMILES。
- 许多计算化学工作流程都会输出 SMILES。
- 您也可以在 PubChem 中搜索感兴趣的分子，查找相关示例
为什么我的分子看起来不一样？
SMILES 字符串不包含二维坐标，因此化学结构是通过算法生成的。因此，相同的 SMILES 在不同工具中可能生成外观不同的结构，但其信息完全相同。此外，相关分子可能会以不同方向渲染。
我可以导入哪些类型的分子？
- 最适合单个小分子。
- 复杂的环系/立体中心在自动二维渲染中可能产生异常。
- 多组分分子可能可以使用，但不保证结果（例如多个活性药物成分/盐）。
- 大分子（肽/DNA/RNA）可以用 SMILES 编码，但二维结构并非首选表示方式（HELM 等其他格式更适合）。
“ChemRender”支持 ChemDraw 文件吗？
目前不支持——ChemDraw .cdx 等专有格式不受支持。您需要从 ChemDraw（或类似工具）中将文件导出为 SMILES，然后使用该字符串绘制您的新型分子。或者，如果有可用的分子名称，也可以使用分子名称。
“ChemRender”与 ChemDraw 有何不同？
ChemRender 专注于根据 SMILES 生成准确的二维结构，并提供有限的样式编辑功能；它不支持完整的原子级编辑以及 ChemDraw 提供的其他功能。我们将 ChemRender 视为构建更多化学可视化工具的第一步。
需要帮助或有反馈？
- 电子邮件：support@biorender.com
- 在线聊天：在 Web 应用右下角点击 "Help" 气泡即可使用。
