ChemRender Betaでは、分子名またはSMILES文字列（一般的な化学形式）を使って、正確な2D化学構造をBioRender上で直接生成できます。その後、原子の色や線の太さなどの見た目を微調整したり、サイズ変更、回転、透明度の調整を行ったりできます。
分子を追加する方法
分子は次の2つの方法でインポートできます。
- 分子名で検索する（一般的で既知の化合物に最適）
- SMILES文字列を貼り付ける（新規化合物や未公開化合物に最適）
💡 ヒント：反応スキームの場合は、各反応物／生成物の分子を個別にインポートし、矢印とラベルを使ってBioRender上でスキームを作成してください。
1. 分子名でインポートする
BioRenderは、NIHのPubChemリポジトリで名前付きの分子を検索します。
名前でインポートする手順：
-
Open BioRender Editor
- サイドパネルからChemRenderを選択します。
- 名前で検索する
- 一般名（最適な結果を得るには）またはその他の別名を入力します。
- 一致した分子を目視で確認する
- 対応する2D構造と、下に表示される一致した名前を確認します。
- キャンバスに追加する
- イラストに合うように分子を移動、サイズ変更、回転します
- 編集パネルでスタイルを調整する
- 原子の色、太さ（太線／極太線）、透明度などのスタイルを調整します
💡 ヒント：最初の検索でうまくいかない場合は、別の一般的な別名を試してください。CAS番号やメーカーIDなどの識別子でも機能する場合がありますが、一般的な名称ほど信頼性は高くありません。
2. SMILESでインポートする
SMILESは一般的な化学形式で、分子の構造をテキスト文字列で表します（たとえば、アスピリンのSMILES文字列は次のとおりです：CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O）。
SMILESでインポートする手順：
-
Open BioRender Editor
- サイドパネルからChemRenderを選択します。
- SMILES文字列をレンダリングする
- SMILES文字列を貼り付けます。
- 生成された分子を目視で確認する
- 対応する2D構造を確認します
- 注：SMILESから生成された構造には、関連付けられた名前はありません。
- キャンバスに追加する
- イラストに合うように分子を移動、サイズ変更、回転します
- 編集パネルでスタイルを調整する
- 原子の色、太さ（太線／極太線）、透明度などのスタイルを調整します
💡 ヒント：SMILESを使ってインポートする場合は、文字列に立体化学情報（たとえば、@／@@を使用）が含まれていることを確認してください。含まれていない場合、インポートされた構造には立体化学情報が指定されません。
よくある質問
「ChemRender」はどのファイル形式に対応していますか？
現在は、 分子名とSMILESに対応しています。
「ChemRender」は立体化学に対応していますか？
ChemRenderは立体化学に対応しています。分子名で追加した場合、取得した構造に含まれる既知の立体化学情報が可視化されます。SMILESでインポートする場合は、SMILESに立体化学情報をエンコードする必要があります。そうでない場合、立体化学情報は指定されません。
「ChemRender」は反応スキームに対応していますか？
反応スキーム全体のインポートには対応していませんが、個々の小分子をインポートし、BioRenderの矢印／テキストボックスを使ってスキームを作成できます。
SMILES文字列を取得するにはどうすればよいですか？
- ChemDrawやChemSketchなどのツールからSMILESをExport／コピーします。
- 多くの計算化学ワークフローではSMILESが出力されます。
- PubChemで目的の分子を検索して、例を調べることもできます
分子の見た目が異なるのはなぜですか？
SMILES文字列には2D座標が含まれていないため、化学構造はアルゴリズムによって生成されます。その結果、同じSMILESから、正確に同じ情報を維持しながら、ツールによって見た目の異なる構造が生成される場合があります。また、関連する分子でも異なる向きでレンダリングされることがあります。
どのような種類の分子をインポートできますか？
- 単一の小分子に最適です。
- 複雑な環系／立体中心では、自動2Dレンダリングでアーティファクトが生じる場合があります。
- 複数成分分子でも機能する場合がありますが、結果は保証されません（複数のAPI／塩など）。
- 大きな高分子（ペプチド／DNA／RNA）はSMILESでエンコードできますが、2D構造は推奨される表現ではありません（HELMなどの他の形式の方が適しています）。
「ChemRender」はChemDrawファイルに対応していますか？
現時点では対応していません。ChemDraw .cdxのような独自形式はサポートされていません。ChemDraw（または同様のツール）からSMILESとしてエクスポートし、それを使って新しい分子を描画する必要があります。または、利用可能な場合は分子名を使用できます。
「ChemRender」はChemDrawとどのように異なりますか？
ChemRenderは、SMILESから正確な2D構造を生成することに重点を置いており、スタイル編集機能は限定的です。ChemDrawで利用できる原子レベルの完全な編集機能やその他の機能には対応していません。ChemRenderは、化学構造の可視化に役立つ追加ツールを構築するための第一歩だと考えています。
サポートが必要ですか？またはフィードバックがありますか？
- メール：support@biorender.com
- ライブチャット：Webアプリの右下隅にある"Help"バブルをクリックすると利用できます。
