Aggiungi strutture chimiche 2D alle tue illustrazioni con ChemRender

Con ChemRender Beta, puoi generare strutture chimiche 2D accurate direttamente in BioRender utilizzando il nome di una molecola o una stringa SMILES (un formato comune in chimica). Puoi quindi perfezionare l’aspetto (come i colori degli atomi e lo spessore delle linee), oltre a ridimensionare, ruotare e regolare la trasparenza.

Modi per aggiungere una molecola

Puoi importare una molecola in due modi:

1. Cerca per nome della molecola (ideale per composti comuni e conosciuti)
2. Incolla una stringa SMILES (ideale per composti nuovi o non pubblici)

💡 Suggerimento: per schemi di reazione, importa ogni molecola reagente/prodotto singolarmente, quindi costruisci lo schema in BioRender usando frecce ed etichette.

1. Importazione tramite nome della molecola

BioRender cerca le molecole nominate nel repository PubChem del NIH.

Passaggi per importare tramite nome:

1. Apri l'Editor di BioRender
   • Seleziona ChemRender dal pannello laterale.
2. Cerca per nome
   • Digita un nome comune (per risultati migliori) o un altro sinonimo.
3. Controlla visivamente la molecola trovata
   • Verifica la struttura 2D corrispondente e il nome associato che appare sotto.
4. Aggiungi alla tela
   • Trasla, ridimensiona e ruota la molecola per adattarla alla tua illustrazione
5. Usa il pannello di modifica per regolare lo stile
   • Modifica lo stile come colori degli atomi, spessore (linee grassetto/pesanti) e trasparenza

💡 Consiglio: se la prima ricerca non funziona, prova un altro sinonimo comune. Alcuni identificatori (come numeri CAS o ID produttore) possono funzionare, ma non sono affidabili come i nomi più comuni.

2. Importazione tramite SMILES

SMILES è un formato comune in chimica che codifica la struttura di una molecola in una stringa di testo (ad esempio, la stringa SMILES dell’aspirina è: CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O).

Passaggi per importare tramite SMILES:

1. Apri l'Editor di BioRender
   • Seleziona ChemRender dal pannello laterale.
2. Inserisci la tua stringa SMILES
   • Incolla la tua stringa SMILES.
3. Controlla visivamente la molecola risultante
   • Verifica la struttura 2D corrispondente
   • Nota: le strutture da SMILES non avranno un nome associato.
4. Aggiungi alla tela
   • Trasla, ridimensiona e ruota la molecola per adattarla alla tua illustrazione
5. Usa il pannello di modifica per regolare lo stile
   • Modifica lo stile come colori degli atomi, spessore (linee grassetto/pesanti) e trasparenza

💡 Suggerimento: se importi tramite SMILES, assicurati che la stereochimica sia inclusa nella stringa (ad esempio usando @ / @@). Se manca, la struttura importata non specificherà la stereochimica.

Domande frequenti

Quali formati di file supporta ‘ChemRender’?

Attualmente sono supportati il nome della molecola e SMILES.

‘ChemRender’ supporta la stereochimica?

ChemRender supporta la stereochimica. Se aggiungi una molecola tramite nome, visualizzerà la stereochimica nota nella struttura recuperata. Se importi tramite SMILES, la stereochimica deve essere codificata nella stringa SMILES; altrimenti non sarà specificata.

‘ChemRender’ supporta schemi di reazione?

L’importazione completa di schemi di reazione non è supportata, ma puoi importare le singole piccole molecole e costruire gli schemi usando frecce e caselle di testo in BioRender.

Come ottengo una stringa SMILES?

• Esporta/copia SMILES da strumenti come ChemDraw o ChemSketch.
• Molti flussi di lavoro di chimica computazionale producono SMILES.
• Puoi anche cercare esempi su PubChem cercando una molecola di interesse.

Perché la mia molecola appare diversa?

Una stringa SMILES non include coordinate 2D, quindi la struttura chimica viene generata algoritmicamente. Di conseguenza, la stessa SMILES può generare strutture che appaiono diverse tra gli strumenti pur mantenendo le stesse informazioni. Inoltre, molecole correlate possono essere rappresentate con orientamenti diversi.

Che tipi di molecole posso importare?

• Ideale per singole piccole molecole.
• Sistemi ad anello complessi/centri stereogenici possono produrre artefatti nel rendering 2D automatico.
• Molecole multi-componente possono funzionare, ma i risultati non sono garantiti (es. più principi attivi/sali).
• Macromolecole grandi (peptidi/DNA/RNA) possono essere codificate in SMILES, ma le strutture 2D non sono la rappresentazione preferita (altri formati come HELM sono più adatti).

‘ChemRender’ supporta file ChemDraw?

Al momento no - formati proprietari come ChemDraw .cdx non sono supportati. Devi esportare da ChemDraw (o simili) come SMILES e usare quella stringa per disegnare la tua molecola nuova. Oppure puoi usare il nome della molecola se disponibile.

Come si confronta ‘ChemRender’ con ChemDraw?

ChemRender si concentra sulla generazione di una struttura 2D accurata da SMILES con modifiche di stile limitate; non supporta l’editing completo a livello atomico e altre funzionalità disponibili in ChemDraw. Consideriamo ChemRender come un primo passo per sviluppare ulteriori strumenti per aiutare a visualizzare la chimica.

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1. Email: support@biorender.com
2. Chat dal vivo: disponibile cliccando sulla bolla "Help" nell’app web in basso a destra.