Ajoutez des structures chimiques 2D à vos illustrations avec ChemRender

Avec ChemRender Beta, vous pouvez générer des structures chimiques 2D précises directement dans BioRender en utilisant soit un nom de molécule, soit une chaîne SMILES (un format courant en chimie). Vous pouvez ensuite affiner l’apparence (comme les couleurs des atomes et l’épaisseur des lignes), ainsi que redimensionner, faire pivoter et ajuster la transparence.

Façons d’ajouter une molécule

Vous pouvez importer une molécule de deux manières :

1. Recherche par nom de molécule (idéal pour les composés courants et connus)
2. Coller une chaîne SMILES (idéal pour les composés nouveaux ou non publics)

💡 Astuce : Pour les schémas de réaction, importez chaque molécule réactif/produit individuellement, puis construisez le schéma dans BioRender en utilisant des flèches et des étiquettes.

1. Importer par nom de molécule

BioRender recherche les molécules nommées dans le dépôt PubChem du NIH.

Étapes pour importer par nom :

1. Ouvrez l’éditeur BioRender
   • Sélectionnez ChemRender dans le panneau latéral.
2. Recherchez par nom
   • Tapez un nom commun (pour de meilleurs résultats) ou un autre synonyme.
3. Inspectez visuellement la molécule correspondante
   • Vérifiez la structure 2D correspondante et le nom associé qui apparaît en dessous.
4. Ajoutez à la zone de dessin
   • Déplacez, redimensionnez et faites pivoter la molécule pour l’adapter à votre illustration
5. Utilisez le panneau d’édition pour ajuster le style
   • Ajustez le style comme les couleurs des atomes, l’épaisseur (lignes épaisses/fortes) et la transparence

💡 Astuce : Si votre première recherche ne fonctionne pas, essayez un autre synonyme courant. Certains identifiants (comme les numéros CAS ou les identifiants fabricants) peuvent fonctionner, mais sont moins fiables que les noms plus courants.

2. Importer par SMILES

SMILES est un format courant en chimie qui encode la structure d’une molécule sous forme de chaîne de texte (par exemple, la chaîne SMILES de l’aspirine est : CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O).

Étapes pour importer par SMILES :

1. Ouvrez l’éditeur BioRender
   • Sélectionnez ChemRender dans le panneau latéral.
2. Rendez votre chaîne SMILES
   • Collez votre chaîne SMILES.
3. Inspectez visuellement la molécule résultante
   • Vérifiez la structure 2D correspondante
   • Note : Les structures issues de SMILES n’auront pas de nom associé.
4. Ajoutez à la zone de dessin
   • Déplacez, redimensionnez et faites pivoter la molécule pour l’adapter à votre illustration
5. Utilisez le panneau d’édition pour ajuster le style
   • Ajustez le style comme les couleurs des atomes, l’épaisseur (lignes épaisses/fortes) et la transparence

💡 Astuce : Si vous importez avec SMILES, assurez-vous que la stéréochimie est incluse dans la chaîne (par exemple en utilisant @ / @@). Si elle est absente, la structure importée ne spécifiera pas la stéréochimie.

Questions fréquentes

Quels formats de fichiers ‘ChemRender’ supporte-t-il ?

Actuellement, seuls le nom de la molécule et le SMILES sont pris en charge.

‘ChemRender’ supporte-t-il la stéréochimie ?

ChemRender supporte la stéréochimie. Si vous ajoutez une molécule par son nom, il affichera la stéréochimie connue dans la structure récupérée. Si vous importez par SMILES, la stéréochimie doit être encodée dans le SMILES, sinon elle ne sera pas spécifiée.

‘ChemRender’ peut-il prendre en charge les schémas de réaction ?

L’import complet de schémas de réaction n’est pas pris en charge, mais vous pouvez importer les petites molécules individuelles et construire les schémas en utilisant les flèches et zones de texte de BioRender.

Comment obtenir une chaîne SMILES ?

• Exportez/copiez les SMILES depuis des outils comme ChemDraw ou ChemSketch.
• De nombreux workflows de chimie computationnelle génèrent des SMILES.
• Vous pouvez aussi chercher des exemples sur PubChem en recherchant une molécule d’intérêt.

Pourquoi ma molécule a-t-elle une apparence différente ?

Une chaîne SMILES n’inclut pas de coordonnées 2D, donc la structure chimique est générée de manière algorithmique. Par conséquent, le même SMILES peut produire des structures qui ont une apparence différente selon les outils, tout en conservant exactement la même information. De plus, des molécules apparentées peuvent s’afficher avec des orientations différentes.

Quels types de molécules puis-je importer ?

• Convient mieux aux petites molécules uniques.
• Les systèmes d’anneaux complexes / centres stéréogènes peuvent produire des artefacts dans le rendu 2D automatisé.
• Les molécules multi-composants peuvent fonctionner, mais les résultats ne sont pas garantis (par exemple, plusieurs principes actifs / sels).
• Les macromolécules volumineuses (peptides/ADN/ARN) peuvent être encodées en SMILES, mais les structures 2D ne sont pas la représentation préférée (d’autres formats comme HELM sont mieux adaptés).

‘ChemRender’ peut-il prendre en charge les fichiers ChemDraw ?

Pas pour le moment – les formats propriétaires comme ChemDraw .cdx ne sont pas pris en charge. Vous devrez exporter depuis ChemDraw (ou un logiciel similaire) au format SMILES, puis utiliser ce dernier pour dessiner votre molécule nouvelle. Ou vous pouvez utiliser le nom d’une molécule si disponible.

Comment ‘ChemRender’ se compare-t-il à ChemDraw ?

ChemRender se concentre sur la génération d’une structure 2D précise à partir de SMILES avec des modifications de style limitées ; il ne prend pas en charge l’édition complète au niveau atomique ni d’autres fonctionnalités disponibles sur ChemDraw. Nous voyons ChemRender comme une première étape pour développer des outils supplémentaires afin d’aider à visualiser la chimie.

Besoin d’aide ou des retours ?

1. Email : support@biorender.com
2. Chat en direct : Disponible en cliquant sur la bulle "Help" dans l’application web en bas à droite.