Añade estructuras químicas 2D a tus ilustraciones con ChemRender

Con ChemRender Beta, puedes generar estructuras químicas 2D precisas directamente en BioRender usando el nombre de una molécula o una cadena SMILES (un formato común en química). Luego puedes ajustar la apariencia (como los colores de los átomos y el grosor de las líneas), además de cambiar el tamaño, rotar y ajustar la transparencia.

Formas de añadir una molécula

Puedes importar una molécula de dos maneras:

1. Buscar por nombre de molécula (mejor para compuestos comunes y conocidos)
2. Pegar una cadena SMILES (mejor para compuestos nuevos o no públicos)

💡 Consejo: Para esquemas de reacción, importa cada molécula reactante/producto individualmente y luego construye el esquema en BioRender usando flechas y etiquetas.

1. Importar por nombre de molécula

BioRender busca moléculas nombradas en el repositorio PubChem del NIH.

Pasos para importar por nombre:

1. Abre el editor de BioRender
   • Selecciona ChemRender en el panel lateral.
2. Busca por nombre
   • Escribe un nombre común (para mejores resultados) u otro sinónimo.
3. Inspecciona visualmente la molécula encontrada
   • Revisa la estructura 2D correspondiente y el nombre coincidente que aparece abajo.
4. Añade al lienzo
   • Traslada, cambia el tamaño y rota la molécula para que encaje en tu ilustración
5. Usa el panel de edición para ajustar el estilo
   • Ajusta el estilo como el color de los átomos, el grosor (líneas gruesas/negritas) y la transparencia

💡 Consejo: Si tu primera búsqueda no funciona, prueba con otro sinónimo común. Algunos identificadores (como números CAS o IDs de fabricantes) pueden funcionar, pero no son tan fiables como los nombres más comunes.

2. Importar por SMILES

SMILES es un formato común en química que codifica la estructura de una molécula en una cadena de texto (por ejemplo, la cadena SMILES del ácido acetilsalicílico es: CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O).

Pasos para importar por SMILES:

1. Abre el editor de BioRender
   • Selecciona ChemRender en el panel lateral.
2. Introduce tu cadena SMILES
   • Pega tu cadena SMILES.
3. Inspecciona visualmente la molécula resultante
   • Revisa la estructura 2D correspondiente
   • Nota: Las estructuras importadas desde SMILES no tendrán un nombre asociado.
4. Añade al lienzo
   • Traslada, cambia el tamaño y rota la molécula para que encaje en tu ilustración
5. Usa el panel de edición para ajustar el estilo
   • Ajusta el estilo como el color de los átomos, el grosor (líneas gruesas/negritas) y la transparencia

💡 Consejo: Si importas con SMILES, asegúrate de que la estereoquímica esté incluida en la cadena (por ejemplo, usando @ / @@). Si falta, la estructura importada no especificará estereoquímica.

Preguntas frecuentes

¿Qué formatos de archivo soporta ‘ChemRender’?

Actualmente, se soportan el nombre de la molécula y SMILES.

¿‘ChemRender’ soporta estereoquímica?

ChemRender soporta estereoquímica. Si añades una molécula por su nombre, visualizará la estereoquímica conocida en la estructura recuperada. Si importas por SMILES, la estereoquímica debe estar codificada en el SMILES; de lo contrario, no se especificará.

¿Puede ‘ChemRender’ soportar esquemas de reacción?

No se soporta la importación completa de esquemas de reacción, pero puedes importar las moléculas pequeñas individuales y construir esquemas usando las flechas y cuadros de texto de BioRender.

¿Cómo obtengo una cadena SMILES?

• Exporta o copia SMILES desde herramientas como ChemDraw o ChemSketch.
• Muchos flujos de trabajo de química computacional generan SMILES.
• También puedes buscar ejemplos en PubChem buscando una molécula de interés.

¿Por qué mi molécula se ve diferente?

Una cadena SMILES no incluye coordenadas 2D, por lo que la estructura química se genera algorítmicamente. Como resultado, el mismo SMILES puede generar estructuras que se ven diferentes en distintas herramientas aunque mantengan exactamente la misma información. Además, moléculas relacionadas pueden mostrarse con orientaciones diferentes.

¿Qué tipos de moléculas puedo importar?

• Más adecuado para moléculas pequeñas individuales.
• Sistemas de anillos complejos o centros estereogénicos pueden producir artefactos en el renderizado 2D automático.
• Moléculas multicomponentes pueden funcionar, pero los resultados no están garantizados (por ejemplo, múltiples principios activos/sales).
• Macromoléculas grandes (péptidos/ADN/ARN) pueden codificarse en SMILES, pero las estructuras 2D no son la representación preferida (otros formatos como HELM son más adecuados).

¿‘ChemRender’ soporta archivos de ChemDraw?

No por el momento: formatos propietarios como ChemDraw .cdx no están soportados. Necesitarás exportar desde ChemDraw (o similar) como SMILES y luego usar eso para dibujar tu molécula nueva. O bien puedes usar el nombre de la molécula si está disponible.

¿Cómo se compara ‘ChemRender’ con ChemDraw?

ChemRender se centra en generar una estructura 2D precisa a partir de SMILES con ediciones de estilo limitadas; no soporta edición completa a nivel atómico ni otras funciones disponibles en ChemDraw. Vemos ChemRender como un primer paso para construir herramientas adicionales que ayuden a visualizar química.

¿Necesitas ayuda o tienes comentarios?

1. Correo electrónico: support@biorender.com
2. Chat en vivo: Disponible haciendo clic en el globo "Ayuda" en la aplicación web, en la esquina inferior derecha.