Fügen Sie 2D-Chemiestrukturen mit ChemRender zu Ihren Illustrationen hinzu

Mit ChemRender Beta können Sie genaue 2D-Chemiestrukturen direkt in BioRender erzeugen, indem Sie entweder einen Molekülnamen oder eine SMILES-Zeichenkette (ein gängiges Chemieformat) verwenden. Anschließend können Sie das Aussehen (wie Atomfarben und Linienstärke) feinabstimmen sowie Größe, Drehung und Transparenz anpassen.

Möglichkeiten, ein Molekül hinzuzufügen

Sie können ein Molekül auf zwei Arten importieren:

1. Suche nach Molekülnamen (am besten für gebräuchliche, bekannte Verbindungen)
2. Einfügen einer SMILES-Zeichenkette (am besten für neue oder nicht öffentliche Verbindungen)

💡 Tipp: Für Reaktionsschemata importieren Sie jedes Edukt/Produkt-Molekül einzeln und bauen dann das Schema in BioRender mit Pfeilen und Beschriftungen auf.

1. Import über Molekülnamen

BioRender sucht nach benannten Molekülen in NIHs PubChem-Datenbank.

Schritte zum Import über den Namen:

1. Öffnen Sie den BioRender Editor
   • Wählen Sie ChemRender im Seitenpanel aus.
2. Suche nach Namen
   • Geben Sie einen gebräuchlichen Namen (für beste Ergebnisse) oder einen anderen Synonym ein.
3. Visuelle Überprüfung des gefundenen Moleküls
   • Überprüfen Sie die entsprechende 2D-Struktur und den angezeigten Namen darunter.
4. Zum Canvas hinzufügen
   • Verschieben, Größe ändern und Molekül drehen, um es in Ihre Illustration einzupassen
5. Verwenden Sie das Bearbeitungsfenster, um den Stil anzupassen
   • Passen Sie Stil wie Atomfarben, Linienstärke (fett/stark) und Transparenz an

💡 Tipp: Wenn Ihre erste Suche nicht erfolgreich ist, versuchen Sie einen anderen gebräuchlichen Synonym. Einige Identifikatoren (wie CAS-Nummern oder Hersteller-IDs) können funktionieren, sind aber nicht so zuverlässig wie gängigere Namen.

2. Import über SMILES

SMILES ist ein gängiges Chemieformat und kodiert die Struktur eines Moleküls in einer Textzeichenkette (zum Beispiel ist die SMILES-Zeichenkette von Aspirin: CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O).

Schritte zum Import per SMILES:

1. Öffnen Sie den BioRender Editor
   • Wählen Sie ChemRender im Seitenpanel aus.
2. Geben Sie Ihre SMILES-Zeichenkette ein
   • Fügen Sie Ihre SMILES-Zeichenkette ein.
3. Visuelle Überprüfung des resultierenden Moleküls
   • Überprüfen Sie die entsprechende 2D-Struktur
   • Hinweis: Strukturen aus SMILES haben keinen zugeordneten Namen.
4. Zum Canvas hinzufügen
   • Verschieben, Größe ändern und Molekül drehen, um es in Ihre Illustration einzupassen
5. Verwenden Sie das Bearbeitungsfenster, um den Stil anzupassen
   • Passen Sie Stil wie Atomfarben, Linienstärke (fett/stark) und Transparenz an

💡 Tipp: Wenn Sie per SMILES importieren, stellen Sie sicher, dass die Stereochemie in der Zeichenkette enthalten ist (zum Beispiel mit @ / @@). Wenn sie fehlt, wird die importierte Struktur keine Stereochemie angeben.

Häufig gestellte Fragen

Welche Dateiformate unterstützt „ChemRender“?

Derzeit werden Molekülnamen und SMILES unterstützt.

Unterstützt „ChemRender“ Stereochemie?

ChemRender unterstützt Stereochemie. Wenn Sie ein Molekül über seinen Namen hinzufügen, wird die bekannte Stereochemie in der abgerufenen Struktur visualisiert. Wenn Sie per SMILES importieren, muss die Stereochemie im SMILES kodiert sein; andernfalls wird sie nicht angegeben.

Kann „ChemRender“ Reaktionsschemata unterstützen?

Ein vollständiger Reaktionsschema-Import wird nicht unterstützt, aber Sie können die einzelnen kleinen Moleküle importieren und Schemata mit BioRender-Pfeilen und Textfeldern erstellen.

Wie erhalte ich eine SMILES-Zeichenkette?

• Exportieren/kopieren Sie SMILES aus Tools wie ChemDraw oder ChemSketch.
• Viele rechnergestützte Chemie-Workflows liefern SMILES aus.
• Sie können auch Beispiele auf PubChem finden, indem Sie nach einem interessierenden Molekül suchen.

Warum sieht mein Molekül anders aus?

Eine SMILES-Zeichenkette enthält keine 2D-Koordinaten, daher wird die chemische Struktur algorithmisch erzeugt. Deshalb können dieselben SMILES in verschiedenen Tools unterschiedlich aussehen, obwohl dieselben Informationen zugrunde liegen. Außerdem können verwandte Moleküle mit unterschiedlichen Ausrichtungen dargestellt werden.

Welche Arten von Molekülen kann ich importieren?

• Am besten geeignet für einzelne kleine Moleküle.
• Komplexe Ringsysteme/Stereozentren können Artefakte bei der automatischen 2D-Darstellung verursachen.
• Mehrkomponenten-Moleküle können funktionieren, aber Ergebnisse sind nicht garantiert (z. B. mehrere Wirkstoffe/Salze).
• Große Makromoleküle (Peptide/DNA/RNA) können in SMILES kodiert werden, aber 2D-Strukturen sind nicht die bevorzugte Darstellung (andere Formate wie HELM sind besser geeignet).

Unterstützt „ChemRender“ ChemDraw-Dateien?

Derzeit nicht – proprietäre Formate wie ChemDraw .cdx werden nicht unterstützt. Sie müssen aus ChemDraw (oder ähnlichem) als SMILES exportieren und diese dann zum Zeichnen Ihres neuen Moleküls verwenden. Alternativ können Sie auch einen Molekülnamen verwenden, falls verfügbar.

Wie unterscheidet sich „ChemRender“ von ChemDraw?

ChemRender konzentriert sich darauf, eine genaue 2D-Struktur aus SMILES mit begrenzten Stilbearbeitungen zu erzeugen; es unterstützt keine vollständige Bearbeitung auf Atomebene und andere Funktionen, die ChemDraw bietet. Wir sehen ChemRender als ersten Schritt zum Aufbau zusätzlicher Werkzeuge zur Visualisierung von Chemie.

Benötigen Sie Hilfe oder haben Sie Feedback?

1. E-Mail: support@biorender.com
2. Live-Chat: Verfügbar, indem Sie auf die „Hilfe“-Blase in der Web-App unten rechts klicken.